HPV ilə əlaqəli baş-boyun xərçənginin erkən diaqnostikasında yeni dövr: maye biopsiya HPV-DeepSeek

Baş-boyun xərçəngləri, xüsusilə insan papilloma virusu (HPV) ilə əlaqəli formalarında gənc yetkinlərə də təsir edə bilən, səssiz irəliləyən və çox vaxt gec mərhələdə diaqnoz qoyulan aqressiv şişlərdir. Ənənəvi diaqnostika üsulu olan toxuma biopsiyası invazivdir, erkən mərhələdə yetərsiz qala bilər və yalançı mənfi nəticə tezliyi yüksəkdir. Buna görə az invaziv, yüksək həssaslığa malik və qan nümunəsinə əsaslanan diaqnostika üsulları mühüm əhəmiyyət daşıyır.

Məhz bu məqamda Massachusetts Eye and Ear və Broad Institute əməkdaşlığı ilə hazırlanmış “HPV-DeepSeek” adlı maye biopsiya testi tam genomun sekvenslənməsinə (WGS) əsaslanan yanaşma ilə dönüş yaradan nəticələr ortaya qoydu. Tədqiqatın nəticələri 20 may 2025-ci ildə Clinical Cancer Research jurnalında dərc olundu.

Şəklin izahı: HPV ilə əlaqəli baş-boyun xərçənglərinin erkən diaqnostikası üçün hazırlanmış bu üsul qanda dövr edən sərbəst şiş DNT-sini (ctDNA) təhlil edərək xəstəliyi çox erkən mərhələdə aşkarlamağı hədəfləyir. Bu proses aşağıdakı mərhələlərlə həyata keçirilir:

• Əvvəl pasiyentdən standart qan nümunəsi götürülür. Bu qan nümunəsindən hüceyrədənkənar sərbəst DNT (cfDNA) ayrılır. Sonra bu cfDNA daxilində HPV-yə aid ola biləcək kiçik şiş DNT fraqmentləri (ctHPVDNA) seçilir. Bu fraqmentlər sekvenslənməyə uyğunlaşdırılmaq üçün xüsusi adapterlərlə nişanlanaraq “kitabxana” yaradılır.
• Hazırlanmış bu DNT kitabxanası HPV genomu kimi hədəf bölgələrin seçilərək zənginləşdirildiyi xüsusi mərhələdən keçirilir. Bunun sayəsində az miqdarda olan HPV-yə xüsusi genetik material daha aydın görünür. Sonra tam genomun sekvenslənməsi (WGS) cihazları ilə bu nümunələr yüksək dəqiqliklə sekvenslənir.
• Əldə olunan sekvensləmə məlumatları qabaqcıl bioinformatik təhlillərlə qiymətləndirilir. Bu təhlillərdə HPV genomuna aid oxunuşların sayı, HPV-nin hansı bölgələrə inteqrasiya olunduğu, tam genom əhatəsi, virus və insan DNT-sindəki xüsusi variantlar (SNP-lər) və DNT-nin parçalanma nümunələri araşdırılır.
• Nəticədə bu məlumatlar əsasında şəxsdə HPV ilə əlaqəli baş-boyun xərçənginin olub-olmadığı müəyyən edilir. Bu üsul xüsusilə simptomu olmayan insanlarda erkən diaqnostika və skrininq üçün istifadə oluna biləcək, yüksək dəqiqliyə malik yenilikçi molekulyar testdir.

HPV-DeepSeek: mövcud diaqnostika üsullarından xeyli həssasdır

98,7% həssaslıq və 98,7% spesifiklik!

“HPV-DeepSeek” dövr edən şiş DNT-si (ctDNA) vasitəsilə HPV ilə əlaqəli baş-boyun yastıhüceyrəli xərçənglərini müəyyənləşdirmək üçün hazırlanmış WGS əsaslı testdir. Bu üsul həm tək, həm də birləşdirilmiş mövcud maye biopsiya testlərindən əhəmiyyətli dərəcədə yüksək həssaslıq və spesifiklik göstərmişdir.

• WGS (Whole Genome Sequencing - Tam genomun sekvenslənməsi)bir orqanizmin və ya şiş hüceyrəsinin DNT-sindəki bütün genetik məlumatı nukleotid əsasları səviyyəsində oxuyaraq təhlil edən qabaqcıl genom texnologiyasıdır. Bu üsul sayəsində xərçəng kimi xəstəliklərdə genetik dəyişikliklər bütöv şəkildə müəyyən edilə bilər və diaqnostika, eləcə də hədəfə yönəlmiş müalicə strategiyaları hazırlana bilər.
• ddPCR (Droplet Digital PCR - Damcılı rəqəmsal PCR)müəyyən DNT və ya RNT ardıcıllıqlarını çox yüksək həssaslıqla çoxaldaraq kəmiyyətcə ölçə bilən molekulyar test üsuludur. Xərçəng diaqnostikasında müəyyən mutasiyaları və ya virus DNT-sini (məsələn, HPV) qan nümunələrində hətta aşağı səviyyədə aşkarlamaq üstünlüyü verir.

Nəticələr:

• HPV-DeepSeek:

  • Həssaslıq: 98,7%

  • Spesifiklik: 98,7%

• Müqayisə üsulları:

  • Təkli ddPCR: 94,2% həssaslıq

  • Çoxlu ddPCR: 90,6% həssaslıq

  • HPV zülallarına qarşı anticisimlər: 87,4% həssaslıq

Bu yüksək göstəricilər xəstəliyin simptomsuz mərhələsində də qorunmuşdur. Yəni HPV-DeepSeek hətta simptomu olmayan insanlarda da xərçəngi aşkarlamaq potensialı daşıyır.

Diaqnostik dəqiqlik zirvədə: AUC dəyərləri ilə güclü müqayisələr

WGS ctDNA üsulu diaqnostik dəqiqlik baxımından da rəqiblərindən xeyli irəlidədir:

• WGS HPV-ctDNA: AUC 0,99

• ddPCR: AUC 0,90

• HPV anticisim testləri: AUC 0,83

• Klinik qiymətləndirmə: AUC 0,82
  (P < 0,001 bütün müqayisələrdə)

Bu, xüsusilə erkən mərhələli pasiyentlərdə də diaqnozun dəqiq qoyula bildiyini göstərir.

Skrininqin modelləşdirilməsi: ən az şəxsin yoxlanması, ən yüksək dəqiqlik

Araşdırmaçılar həmçinin 55-74 yaşlı kişilərdə mümkün skrininq tətbiqlərini modelləşdirdi. HPV-DeepSeek bu modeldə:

• Skrininq üçün yoxlanmalı şəxslərin sayı: 2903

• Müsbət proqnostik dəyər (PPV): 2,6 (ən yüksək)

Yəni digər üsullarla müqayisədə daha az şəxsi yoxlamaqla daha düzgün nəticə əldə etmək mümkündür.

10 il əvvəldən diaqnoz qoymaq mümkündürmü?

Araşdırmaçılar başqa bir tədqiqatda HPV-DeepSeek testini xərçəng diaqnozu qoyulmazdan 1,3 ilə 10,8 il əvvəl götürülmüş 28 qan nümunəsi üzərində sınaqdan keçirdi. Nəticələr diqqətçəkəndir:

• 28 haldan 22-də HPV ilə əlaqəli orofarenks xərçənginin əlamətləri aşkarlanmışdır.

• Diaqnozdan 4 il əvvəl 100% aşkarlanma tezliyi

• Ən uzun proqnozlaşdırma müddəti: 7,8 il

• Maşın öyrənməsi ilə hazırlanmış model vasitəsilə 10 il ərzində diaqnoz qoyma uğuru: 96% (27/28 hal)

Bu, klinik baxımdan profilaktik onkologiyanın qapısını aralaya bilər.

HPV ilə əlaqəli olmayan baş-boyun xərçənglərində MAESTRO ilə MRD aşkarlanması

Eyni araşdırma qrupu HPV-mənfi baş-boyun yastıhüceyrəli xərçəngi olan pasiyentlərdə əməliyyatdan sonra ölçülə bilən qalıq xəstəliyi (MRD) müəyyənləşdirmək üçün yeni test hazırladı: MAESTRO. Bu testin tədqiqatı da eyni vaxtda dərc olundu.

MAESTRO testinin xüsusiyyətləri:

• WGS əsaslı, şiş məlumatına əsaslanan, mutasiya zənginləşdirilməsi prinsipi ilə işləyən

• 24 pasiyentdə sınaqdan keçirildi

• Müsbət proqnostik dəyər (PPV): 92,9%

• Mənfi proqnostik dəyər (NPV): 80%

MRD-nin erkən aşkarlanması residiv və ümumi sağqalma ilə birbaşa əlaqələndirildi. Bu testin adyuvant müalicə qərarlarında yol göstərəcəyi gözlənilir.

Gələcəyə baxış: fərdiləşdirilmiş xərçəng idarəçiliyi

Bu maye biopsiya yanaşmaları ilə artıq samanlıqda yüzlərlə, hətta minlərlə iynə axtara bilirik. Bu da diaqnostik dəqiqliyi kəskin artırır. Bu texnologiya ilə pasiyentlərə daha az əlavə təsirli, daha erkən və daha dəqiq müalicə seçimləri təqdim edə biləcəyik.

Nəticə

WGS əsaslı maye biopsiya texnologiyaları HPV ilə əlaqəli baş-boyun xərçənglərinin diaqnostika və skrininq proseslərində inqilabi irəliləyiş vəd edir. Xüsusilə HPV-DeepSeek-in yüksək nəticələri həm simptomsuz insanlarda skrininqə imkan verir, həm də fərdiləşdirilmiş onkologiya dövrünü bir addım irəli aparır. Qarşıdakı illərdə bu testlərin klinik praktikaya inteqrasiyası ilə baş-boyun xərçənglərində erkən diaqnostika, daha az müalicə və daha yaxşı həyat keyfiyyəti mümkün ola bilər.

HPV-DeepSeek və MAESTRO-nu hazırlayan araşdırma qrupu: Faden Lab

Faden Lab Harvard Tibb Məktəbinə bağlı Massachusetts Eye and Ear Xəstəxanasında fəaliyyət göstərən, baş-boyun xərçənglərinə yönəlmiş translasion tədqiqat laboratoriyasıdır. Bu laboratoriya xüsusilə HPV ilə əlaqəli baş-boyun yastıhüceyrəli xərçənglərində erkən diaqnostika, minimal qalıq xəstəliyin (MRD) aşkarlanması və maye biopsiya əsaslı genom təhlilləri üzərində çalışır. Hazırladıqları qabaqcıl molekulyar vasitələr arasında WGS (tam genomun sekvenslənməsi), cfDNA təhlilləri, fraqmentomik və inteqromik yanaşmalar var.

Bu laboratoriya yaxın zamanda hazırlanmış HPV-DeepSeek və MAESTRO testlərinin aparıldığı tədqiqat mərkəzidir. HPV-DeepSeek WGS əsaslı maye biopsiya ilə HPV-yə bağlı baş-boyun xərçənglərinin erkən diaqnostikasını hədəfləyir; MAESTRO testi isə HPV-mənfi şişlərdə əməliyyatdan sonra ölçülə bilən qalıq xəstəliyi (MRD) aşkarlamaq üçün hazırlanmışdır. Hər iki tədqiqatın baş araşdırmaçısı və Faden Lab-ın direktoru Harvard Tibb Məktəbinin müəllimi və Massachusetts Eye and Ear-da qulaq-burun-boğaz cərrahı olan Dr. Daniel L. Faden-dir.