შინაარსზე გადასვლა
Prof. Dr. Mustafa Özdoğan · სამედიცინო ონკოლოგი

რა არის ახალი თაობის სეკვენირება (Next-Generation Sequencing, NGS)? გამოყენება ონკოლოგიაში

რა არის ახალი თაობის სეკვენირება (Next-Generation Sequencing, NGS)? გამოყენება ონკოლოგიაში
ამ სტატიაში

ახალი თაობის სეკვენირება (NGS): რა არის და როგორ გამოიყენება ონკოლოგიაში?

ახალი თაობის სეკვენირება (next-generation sequencing, NGS) გენეტიკური ანალიზის ტექნოლოგიაა, რომელიც DNA-ს მილიონობით მცირე ფრაგმენტად ყოფს და ყველა მათგანს ერთდროულად კითხულობს. ამგვარად, ერთი ტესტით ასობით გენის, ან თუნდაც მთელი გენომის თანმიმდევრობის განსაზღვრა რამდენიმე დღეში შეიძლება. ონკოლოგიაში NGS სიმსივნის „გენეტიკურ იდენტობას“ ავლენს და აჩვენებს, რომელი მიზნობრივი პრეპარატი ან იმუნოთერაპია შეიძლება იყოს ეფექტიანი, ადგენს კიბოს მემკვიდრეობით მიდრეკილებას და სისხლის ნიმუშში სიმსივნური DNA-ის მონიტორინგს (თხევად ბიოფსიას) შესაძლებელს ხდის. სტატიაში ვხსნით, როგორ მუშაობს NGS, რა ტიპები არსებობს, სად გამოიყენება კიბოს მკურნალობაში, რა შეზღუდვები აქვს და როგორია ვითარება თურქეთში.

მოკლედ
  • რას აკეთებს? DNA-ს (ან RNA-ს) ფრაგმენტებად ყოფს, მილიონობით ფრაგმენტს პარალელურად კითხულობს და კომპიუტერით ადამიანის საცნობარო გენომთან შედარებით ცვლილებებს პოულობს.
  • რატომ არის მნიშვნელოვანი? ძველი მეთოდები გენებს სათითაოდ იკვლევდა, NGS კი ერთი ტესტით ათეულობით ან ასობით გენს ამოწმებს და მცირე რაოდენობის ქსოვილს ეფექტიანად იყენებს.
  • ონკოლოგიაში ძირითადი გამოყენება: მიზნობრივი მკურნალობის შერჩევა, სიმსივნის ტიპისგან დამოუკიდებელი მკურნალობა (მაგალითად NTRK, MSI-H, TMB-H), მემკვიდრეობითი კიბოს ტესტები და თხევადი ბიოფსია.
  • სახელმძღვანელოები: ევროპის სამედიცინო ონკოლოგიის საზოგადოება (ESMO) NGS-ს რეკომენდაციას უწევს შორსწასულ არაწვრილუჯრედოვან ფილტვის, პროსტატის, საკვერცხისა და სანაღვლე გზების კიბოში;2024 წლის განახლებით დაემატა ძუძუს კიბო და ზოგი იშვიათი სიმსივნეც.
  • რეალისტური მოლოდინი: პაციენტების დაახლოებით მესამედში მკურნალობისთვის გამოსადეგი ცვლილება მოიძებნება; თუმცა შესაბამის მკურნალობაზე ხელმისაწვდომობის მქონე პაციენტების წილი უფრო დაბალია.
  • თურქეთი: ქსოვილისა და სისხლის NGS პანელები გენების რაოდენობის მიხედვით SGK-ის ანაზღაურების სიაში (SUT) შედის.

კიბო უჯრედების DNA-ში დროთა განმავლობაში დაგროვილი ცვლილებების (მუტაციების) შედეგად განვითარებული დაავადებაა. ერთ ორგანოში წარმოქმნილი ორი კიბო ამ ცვლილებებით შეიძლება ძალიან განსხვავდებოდეს. მაგალითად, ფილტვის კიბოს მქონე ორი პაციენტიდან ერთის სიმსივნეში შეიძლება EGFR მუტაცია იყოს, მეორეში კი ALK შერწყმა და ამ ორი პაციენტისთვის ყველაზე ეფექტიანი მკურნალობა სრულიად განსხვავდებოდეს. რატომ არის მნიშვნელოვანი, სიმსივნეში სად და რომელ გენებშია მუტაციები, კიბოს მუტაციების ჩვენს სტატიაში ავხსენით.

NGS-ის მიერ ონკოლოგიის შეცვლა იმაში მდგომარეობს, რომ ცვლილებების ცალ-ცალკე ძებნის ნაცვლად შეუძლია ყველას ერთდროულად შემოწმება. ადრე ფილტვის კიბოს დროს ჯერ EGFR, შემდეგ ALK, შემდეგ ROS1 მოწმდებოდა და თითოეული ტესტისთვის ცალკე ქსოვილი იხარჯებოდა. დღეს ერთი NGS პანელი ყველა ამ გენს, ასობით გენსაც კი, ერთობლივად იკვლევს.

ანალოგია

ადამიანის გენომი დაახლოებით 3,1 მილიარდი ასოსგან შემდგარ უზარმაზარ წიგნად წარმოიდგინეთ. ძველი მეთოდი (Sanger-ის სეკვენირება) ამ წიგნის კონკრეტული გვერდის სტრიქონ-სტრიქონ კითხვას ჰგავს: ზუსტია, მაგრამ ნელი. NGS კი წიგნის მრავალ ასლს მილიონობით პატარა ზოლად ჭრის, ყველას ერთდროულად კითხულობს და კომპიუტერში სტანდარტულ „საცნობარო წიგნთან“ შედარებით მართლწერის შეცდომებს პოულობს. ერთი სტრიქონი ათეულობით ან ასობითჯერ იკითხება, ამიტომ ერთი წაკითხვის შეცდომა შედეგს არ ამახინჯებს და მცირე რაოდენობის უჯრედებში არსებული ცვლილებებიც შეიძლება გამოვლინდეს.

ძირითადი ცნებები: გენი, გენომი, ეგზომი

  • DNA და ფუძეები: DNA ოთხი სამშენებლო ერთეულის (ნუკლეოტიდის) თანმიმდევრობისგან შედგება. მათ ვუწოდებთ მატარებელი ფუძეების პირველი ასოებით: A (ადენინი), T (თიმინი), G (გუანინი), C (ციტოზინი). „სეკვენირება“ ამ ასოების მიმდევრობის წაკითხვას ნიშნავს. DNA-ის ორმაგი სპირალის აღმოჩენის ისტორია DNA-ის ორმაგი სპირალის სტატიაში მოვყევით.
  • ქრომოსომა: ადამიანის უჯრედებში 23 წყვილი, სულ46 ქრომოსომაა (22 წყვილი აუტოსომა და ერთი წყვილი სასქესო ქრომოსომა).
  • გენომი: უჯრედში DNA-ის მთელი თანმიმდევრობა. ადამიანში დაახლოებით3,1 მილიარდი ფუძის წყვილია.
  • გენი: DNA-ის განსაზღვრული ფუნქციის მქონე უბანი. თანამედროვე მონაცემთა ბაზებით ადამიანში დაახლოებით 19.900 ცილის მაკოდირებელი გენი არსებობს (ადრე ხშირად ნახსენები25.000 მიმდინარე რიცხვი არაა); დამატებით არის ათიათასობით RNA გენი, რომელიც ცილად არ გარდაიქმნება.
  • ეგზომი: გენების ცილის მაკოდირებელი ნაწილების (ეგზონების) ერთობლიობა. გენომის მხოლოდ დაახლოებით %1,5-ს შეადგენს, თუმცა დაავადების გამომწვევი ცნობილი ცვლილებების მნიშვნელოვანი ნაწილი აქაა.
  • სომატური და germline (მემკვიდრეობითი) ცვლილება: სომატური ცვლილება მხოლოდ სიმსივნურ უჯრედებშია და არ მემკვიდრეობს. Germline ცვლილება დაბადებიდან სხეულის ყველა უჯრედში არსებობს და შეიძლება ოჯახიდან გადაეცეს. NGS ორივეს ავლენს; ამ განსხვავებისთვის გადამწყვეტია, რომელი ნიმუში (სიმსივნე, სისხლი) იკვლევა.

ისტორიული კონტექსტი: სეკვენირების პირველობები1977 წლიდან დღემდე

1977
Sanger-ის სეკვენირება
Frederick Sanger-ის მეთოდი;1980 წელს მეორე ნობელის პრემია მოუტანა. ოცდაათი წლის განმავლობაში ოქროს სტანდარტი იყო.
1990-2003
ადამიანის გენომის პროექტი დაახლოებით2,7 მილიარდი დოლარი
Sanger-ის მეთოდით,13 წელიწადში;2003 წლის აპრილში გენომის%92 დასრულდა.
2005-2006
პირველი კომერციული NGS მოწყობილობები
დაიწყო მასობრივი პარალელური სეკვენირების ეპოქა;2006 წელს ბაზარზე Solexa-ს (შემდეგ Illumina) Genome Analyzer გამოვიდა.
2006 →2015
ერთ გენომზე ღირებულება მკვეთრად დაეცა
დაახლოებით14 მილიონი დოლარიდან2015 წლის ბოლოს1.500 დოლარზე დაბლა ჩამოვიდა.
23 მაისი2017
პირველი სიმსივნის ტიპისგან დამოუკიდებელი დამტკიცება FDA
პემბროლიზუმაბი ორგანოსგან დამოუკიდებლად MSI-H/dMMR სიმსივნეებში დამტკიცდა: მკურნალობის შერჩევაში „ორგანოს“ ნაცვლად „ბიომარკერის“ ეპოქა.
ივნისი2017
პირველი NGS ტესტი მრავალი წამლისთვის
Oncomine Dx Target Test დამტკიცდა პირველ NGS ტესტად, რომელიც ფილტვის კიბოს სამი წამლის სამიზნეებს ერთდროულად ამოწმებს.
ნოემბერი2017
სიმსივნის ყოვლისმომცველი პროფილირების ტესტები MSK-IMPACT · FoundationOne CDx
ასობით გენის შემსწავლელმა ყოვლისმომცველმა პანელებმა FDA-ის ნებართვა მიიღეს; FoundationOne CDx გახდა პირველი NGS ტესტი ყველა სოლიდური სიმსივნისთვის „გარღვევის მოწყობილობის“ სტატუსით.
7 აგვისტო2020
პირველი თხევადი ბიოფსიის NGS ტესტი Guardant360 CDx
პირველი FDA დამტკიცება, რომელიც NGS-სა და თხევად ბიოფსიას ერთ ტესტში აერთიანებს;26 აგვისტოს FoundationOne Liquid CDx მოჰყვა.
მარტი2022
პირველი სრულად დასრულებული ადამიანის გენომი
T2T კონსორციუმმა გრძელი წაკითხვის ტექნოლოგიებით2003 წელს გამოტოვებული დაახლოებით%8 შეავსო.

ადამიანის გენომის პროექტის ისტორია და მისი გავლენა კიბოზე ადამიანის გენომის პროექტის ჩვენს სტატიაში დაწვრილებით ავხსენით. ისტორიის არსია: პირველ ადამიანის გენომს13 წელი და მილიარდობით დოლარი დასჭირდა; დღეს პაციენტის სიმსივნეში ასობით გენი რამდენიმე დღეში და ბევრად იაფად იკვლევა.

როგორ ტარდება NGS?

NGS-ს წინამორბედი მეთოდებისგან განასხვავებს სეკვენირების რეაქციების პარალელურად ჩატარება: ერთდროულად მილიონობით DNA ფრაგმენტი იკითხება. თითოეული ნიმუშის ფრაგმენტებს მოკლე „ბარკოდის“ თანმიმდევრობა ემატება, ამიტომ მრავალი პაციენტის ნიმუში ერთ კვლევაში ერთობლივად იკითხება და კომპიუტერი ყოველ წაკითხვას შესაბამის პაციენტს მიაკუთვნებს. ეს ნიმუშზე ღირებულებას ამცირებს.

სურათი1 · NGS ნიმუშიდან დასკვნამდე

შედეგს ლაბორატორიული და კომპიუტერული (ბიოინფორმატიკული) ეტაპები ერთობლივად განსაზღვრავს.

1ნიმუშის აღებასიმსივნური ქსოვილი ან სისხლი 2DNA / RNA-ის გამოყოფაუჯრედებიდან გასუფთავება 3ბიბლიოთეკის მომზადებაფრაგმენტაცია + ადაპტერი + ბარკოდი 4პარალელური წაკითხვამილიონობით ფრაგმენტი ერთდროულად 5განლაგებაწაკითხვები საცნობარო გენომზე თავსდება 6ვარიანტების გამოვლენა და ინტერპრეტაციაბიოინფორმატიკა + ექსპერტის შეფასება NGS დასკვნამიგნებები და მკურნალობასთან შესაბამისობები
განმარტება: (1) იღებენ სიმსივნურ ქსოვილს (უმეტესად პარაფინის ბლოკს) ან სისხლს თხევადი ბიოფსიისთვის. (2) ასუფთავებენ DNA-ს ან RNA-ს. (3) DNA ფრაგმენტებად იყოფა; ბოლოებს ემატება მოწყობილობაზე მიმაგრების ადაპტერები და პაციენტის აღმნიშვნელი ბარკოდები; ამას „ბიბლიოთეკა“ ეწოდება. (4) აპარატი მილიონობით ფრაგმენტს ერთდროულად კითხულობს. (5) კომპიუტერი ყოველ წაკითხვას ადამიანის საცნობარო გენომში მის ადგილზე ათავსებს. (6) ვლინდება საცნობაროსგან განსხვავებული უბნები, ედარება ცნობილ ბაზებს და სპეციალისტების მიერ კლინიკური მნიშვნელობის ინტერპრეტაციით მზადდება დასკვნა.

ყველაზე გავრცელებულ ტექნოლოგიაში (Illumina) წაკითხვა „სინთეზით სეკვენირების“ პრინციპს ემყარება: ერთჯაჭვიანი DNA-ის მოპირდაპირედ ახალი ჯაჭვის აგებისას ყოველ დამატებულ ფუძეს სხვადასხვა ფერად მანათობელი ნიშანი აქვს და კამერა ამ ფერს აფიქსირებს. სხვა ტექნოლოგია (Ion Torrent) სინათლის ნაცვლად ყოველი ფუძის დამატებით გამოწვეულ pH-ის მცირე ცვლილებას ზომავს. ბოლო წლებში გავრცელებული გრძელი წაკითხვის ტექნოლოგიები (PacBio, Oxford Nanopore) ერთდროულად ბევრად გრძელ DNA ფრაგმენტებს კითხულობს და რთულ უბნებს ხსნის;2022 წელს პირველი სრულყოფილი ადამიანის გენომი ამ ტექნოლოგიებით დასრულდა.

სიღრმე: რატომ ვკითხულობთ ერთ უბანს ასობითჯერ?

NGS-ში უბნის წაკითხვის რაოდენობას წაკითხვის სიღრმე (დაფარვა) ეწოდება. სიღრმე შედეგის სანდოობას განსაზღვრავს. მემკვიდრეობითი ცვლილებების ძებნისას მთელი გენომის სეკვენირებისთვის თითო უბანზე30-50, მთელი ეგზომისთვის კი დაახლოებით100 წაკითხვაა რეკომენდებული. სიმსივნის ტესტებში გაცილებით მეტია საჭირო, რადგან სიმსივნის ნიმუშში ნორმალური უჯრედებიცაა და მუტაცია სიმსივნური უჯრედების მხოლოდ ნაწილში შეიძლება იყოს. მაგალითად FoundationOne CDx ტესტის სამიზნეა თითო უბანზე მედიანურად 500-ზე მეტი წაკითხვა. თხევადი ბიოფსიისას სისხლში სიმსივნური DNA ძალიან ცოტაა, ამიტომ სიღრმე კიდევ უფრო მაღალია; FoundationOne Liquid CDx-ის ინსტრუქციაში გამოვლენის მედიანური ზღვარი %0,4-ის ფარგლებშია მითითებული.

სურათი2 · წაკითხვის სიღრმე და ვარიანტის ალელის სიხშირე

რაც მეტად იკითხება ერთი უბანი, მით მეტია მცირე რაოდენობის უჯრედებში არსებული მუტაციის გამოვლენის შანსი.

საცნობარო თანმიმდევრობა და იმავე უბნის მომცველი10 წაკითხვა...A C G T T A G C...ცვლილება2 წაკითხვაში /10 წაკითხვავარიანტის ალელის სიხშირე (VAF) =%20 ქსოვილის პანელითითო უბანზემედიანურად500+ წაკითხვა თხევადი ბიოფსია%0,4 დონისცვლილების გამოვლენა შეუძლია 500 წაკითხვაში%1 VAF = მხოლოდ5 მუტანტური წაკითხვა
განმარტება: ზედა უჯრა საცნობარო DNA თანმიმდევრობაა. ქვემოთ ნაცრისფერი ხაზები იმავე უბნის მომცველ10 დამოუკიდებელ წაკითხვას აჩვენებს. ორ წითელწერტილიან წაკითხვაში საცნობაროსგან განსხვავებული ფუძეა; ამიტომ ვარიანტის ალელის სიხშირე (VAF) არის10-დან2, ანუ%20. სიმსივნის ტესტებში თითო უბანზე ასობით წაკითხვაა;500 წაკითხვაში%1 სიხშირის ცვლილება მხოლოდ5 წაკითხვაში ჩანს. ამიტომ იშვიათი ცვლილებების საიმედოდ გამოსავლენად სიღრმე აუცილებელია. მაღალი VAF (დაახლოებით%50 ან%100) ზოგჯერ მემკვიდრეობითი ცვლილების მინიშნებაა და სისხლის ტესტით უნდა დადასტურდეს.

NGS-ის ტიპები: პანელი, ეგზომი, გენომი, RNA, თხევადი ბიოფსია

ტიპი რას კითხულობს? ტიპური სიღრმე ადგილი ონკოლოგიაში
მიზნობრივი გენური პანელი შერჩეული ათეულობით ან ასობით გენი მაღალი (მედიანა500+) ყოველდღიური პრაქტიკის სტანდარტი; მკურნალობის შესარჩევად
მთელი ეგზომის სეკვენირება (WES) ყველა გენის მაკოდირებელი ნაწილები (გენომის%1,5) დაახლოებით100 მემკვიდრეობითი დაავადებების დიაგნოსტიკა და კვლევა
მთელი გენომის სეკვენირება (WGS) მთელი გენომი 30-50 (მემკვიდრეობითი) კვლევა; ზოგ ცენტრში კლინიკურ გამოყენებაში ინერგება
RNA-ის სეკვენირება გენებიდან წარმოქმნილი RNA-ები — შერწყმული გენები (ALK, ROS1, RET, NTRK, NRG1) და გენების ექსპრესია
თხევადი ბიოფსია (ctDNA) სისხლში თავისუფალი სიმსივნური DNA ძალიან მაღალი არასაკმარისი ქსოვილისას, რეზისტენტობის მუტაციების მონიტორინგი (მაგ. ESR1, EGFR T790M), კვლევაში ნარჩენი დაავადება

ხშირი შეცდომაა ფორმულირება „NGS მთელ გენომს არ აანალიზებს; მთელი ეგზომის შესწავლა მუტაციების სკრინინგის საუკეთესო გზაა“. მთელი გენომის სეკვენირებაც NGS-ის გამოყენებაა. ონკოლოგიურ პრაქტიკაში ყველაზე გავრცელებული არც ეგზომია და არც გენომი; ესაა სიმსივნეში მნიშვნელოვანი ცნობილი გენების ძალიან მაღალი სიღრმით წამკითხველი მიზნობრივი პანელები. რომელი მეთოდია „საუკეთესო“, დასმულ კითხვაზეა დამოკიდებული.

რისი გამოვლენა შეუძლია NGS-ს?

  • წერტილოვანი მუტაციები: ერთი ფუძის ცვლილება (მაგ. EGFR L858R, KRAS G12C, BRAF V600E).
  • მცირე ჩასმები და დელეციები: რამდენიმე ფუძის დამატება ან დაკარგვა (მაგ. EGFR ეგზონ19-ის დელეცია, HER2 ეგზონ20-ის ინსერციები).
  • ასლების რაოდენობის ცვლილებები: გენის მრავალი ასლის შექმნა (ამპლიფიკაცია; მაგ. MET, HER2) ან დაკარგვა.
  • შერწყმები: ორი გენის არასწორი შეერთება (მაგ. ALK, ROS1, RET, NTRK, FGFR2). მათი ნაწილი DNA პანელმა შეიძლება გამოტოვოს, ამიტომ RNA-ზე დაფუძნებული ტესტი შეიძლება სჯობდეს.
  • გენომური ხელწერები: მიკროსატელიტური არასტაბილურობა (MSI) და სიმსივნის მუტაციური დატვირთვა (TMB). ისინი ერთი გენიდან კი არა, სიმსივნის საერთო მუტაციური ნიმუშიდან გამოითვლება და იმუნოთერაპიის გადაწყვეტილებაში გამოიყენება.

სად გამოიყენება NGS ონკოლოგიაში?

1. მიზნობრივი მკურნალობის შერჩევა

NGS-ის ყველაზე მნიშვნელოვანი გამოყენება ონკოლოგიაში სიმსივნის (სომატური) ცვლილებების გამოვლენით პაციენტისთვის შესაფერისი მიზნობრივი წამლის პოვნაა. ცხრილი აჯამებს შორსწასულ დაავადებაში NGS-ით საძიებო მთავარ ცვლილებებს. სია ყოველწლიურად ახალი დამტკიცებებით ფართოვდება.

კიბო NGS-ით საძიებო ძირითადი ცვლილებები
არაწვრილუჯრედოვანი ფილტვის EGFR, ALK, ROS1, BRAF V600E, KRAS G12C, MET ეგზონი14, RET, HER2 მუტაცია, NTRK, NRG1
ძუძუ PIK3CA, AKT1, PTEN, ESR1 (ხშირად სისხლიდან), მემკვიდრეობითი BRCA1/2
კოლორექტალური KRAS/NRAS, BRAF V600E, MSI, HER2 ამპლიფიკაცია
პროსტატა BRCA1/2 და DNA-ის რეპარაციის სხვა (HRR) გენები, MSI
საკვერცხე BRCA1/2, ჰომოლოგიური რეკომბინაციის დეფიციტი (HRD)
სანაღვლე გზები (ქოლანგიოკარცინომა) FGFR2 შერწყმა, IDH1, HER2, BRAF V600E, MSI
ფარისებრი ჯირკვალი RET, BRAF, NTRK

ამ ცვლილებების თითოეულისთვის შემუშავებული წამლები ცალკე სტატიებში განვიხილეთ: ALK -ისთვის ალექტინიბი, HER2 მუტანტური ფილტვის კიბოსთვის T-DXd, PIK3CA -ისთვის PI3K ინჰიბიტორები, ESR1 -ისთვის კამიზესტრანტი და FGFR2 -ისთვის ლირაფუგრატინიბი.

2. სიმსივნის ტიპისგან (ორგანოსგან) დამოუკიდებელი მკურნალობა

ზოგი წამალი დამტკიცდა გარკვეული ბიომარკერის მქონე ყველა სიმსივნისთვის, მიუხედავად იმისა, რომელ ორგანოში დაიწყო კიბო. ამ ბიომარკერების უმეტესობის გამოვლენის ყველაზე პრაქტიკული გზა NGS-ია; ამიტომ იშვიათ სიმსივნეებსა და სტანდარტული მკურნალობაამოწურულ პაციენტებში ყოვლისმომცველი NGS განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია.

ბიომარკერი პრეპარატი FDA დამტკიცება
MSI-H / dMMR პემბროლიზუმაბი 23 მაისი2017 (პირველი სიმსივნის ტიპისგან დამოუკიდებელი დამტკიცება)
NTRK შერწყმა ლაროტრექტინიბი; ენტრექტინიბი; რეპოტრექტინიბი ნოემბერი2018; აგვისტო2019; ივნისი2024
TMB-H (≥10 მუტაცია/მეგაბაზა) პემბროლიზუმაბი 16 ივნისი2020 (FoundationOne CDx-ით)
BRAF V600E დაბრაფენიბი + ტრამეტინიბი ივნისი2022
RET შერწყმა სელპერკატინიბი სექტემბერი2022
HER2 (IHC 3+)* ტრასტუზუმაბ დერუქსტეკანი აპრილი2024

*HER2 ცილის სიჭარბე NGS-ით კი არა, იმუნოჰისტოქიმიით (IHC) განისაზღვრება; ცხრილში დამატებად შევიდა. dMMR სიმსივნეებში დოსტარლიმაბიც დამტკიცებული არჩევანია.

3. კიბოს მემკვიდრეობითი მიდრეკილების გამოვლენა

სისხლის ან ნერწყვის ნიმუშის NGS პანელები BRCA1/2, Lynch-ის სინდრომის გენებს (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2), TP53, PALB2 და მსგავს მემკვიდრეობით კიბოს გენებს ერთი ტესტით იკვლევს. ეს ინფორმაცია გავლენას ახდენს პაციენტის მკურნალობაზე (მაგ. PARP ინჰიბიტორები), ოჯახის წევრების სკრინინგსა და პრევენციულ ზომებზე. დეტალებისთვის BRCA მატარებლებში პროფილაქტიკური ოპერაციის ჩვენი სტატია იხილეთ.

მნიშვნელოვანი საკითხი: სიმსივნურ ქსოვილში ჩატარებულ NGS-საც შეუძლია მემკვიდრეობით ცვლილებაზე მინიშნება. Memorial Sloan Kettering-ში დაახლოებით12.000 პაციენტის ანალიზში პაციენტების%17-ს დაავადების გამომწვევი ან სავარაუდოდ გამომწვევი მემკვიდრეობითი ცვლილება, ხოლო%8-ს კლინიკურად ქმედითი ცვლილება აღმოაჩნდა; აღინიშნა, რომ მათი მნიშვნელოვანი ნაწილი არსებულ გენეტიკური ტესტის კრიტერიუმებს ვერ აკმაყოფილებდა. ამიტომ სიმსივნის დასკვნაში პოტენციურად მემკვიდრეობითი მიგნება სისხლის ტესტით უნდა დადასტურდეს და გენეტიკური კონსულტაცია ჩატარდეს.

4. თხევადი ბიოფსია

სიმსივნური უჯრედები სისხლში DNA-ის პატარა ფრაგმენტებს გამოყოფს (მოცირკულირე სიმსივნური DNA, ctDNA). მათი NGS-ით შესწავლა ქსოვილის მიუწვდომლობის ან არასაკმარისობისას მკურნალობის შერჩევას ეხმარება; მკურნალობისას განვითარებული რეზისტენტობის მუტაციების (მაგ. ძუძუს კიბოში ESR1) მონიტორინგს შესაძლებელს ხდის. ოპერაციის შემდეგ დარჩენილი მიკროსკოპული დაავადების (მინიმალური ნარჩენი დაავადების) გამოვლენა კვლავ უმეტესად კვლევის ეტაპზეა; ამ თემაზე GALAXY კვლევა ctDNA-ისა და კოლორექტალური კიბოს სტატიაში, ჯანმრთელ ადამიანებში კიბოს სკრინინგის სისხლის ტესტები კი Galleri-ს სტატიაში განვიხილეთ.

თხევად ბიოფსიას ორი მნიშვნელოვანი მახე აქვს: უარყოფითი შედეგი შეიძლება გამოწვეული იყოს სიმსივნიდან სისხლში DNA-ის არასაკმარისი გამოყოფით; ამიტომ „უარყოფითი“ პასუხი ქსოვილის ტესტს არ გამორიცხავს. ასევე ასაკთან ერთად სისხლის უჯრედებში დაგროვილი, კიბოსთან დაუკავშირებელი მუტაციები (კლონური ჰემატოპოეზი) შეიძლება შეცდომით სიმსივნური წარმოშობისად ჩაითვალოს.

5. სხვა გამოყენებები

  • ფარმაკოგენეტიკა: გენების შესწავლა, რომლებიც განსაზღვრავს, როგორ გადაამუშავებს ორგანიზმი ზოგ პრეპარატს. მაგალითად, DPYD გენში ცვლილებები5-FU-ისა და კაპეციტაბინის მსგავსი ქიმიოთერაპიისას მძიმე გვერდითი მოვლენების რისკს ზრდის.
  • დიაგნოსტიკა და კლასიფიკაცია: განსაკუთრებით სარკომებში, ტვინის სიმსივნეებსა და ლეიკემია-ლიმფომებში მოლეკულური ცვლილებები დიაგნოზის ნაწილი გახდა.
  • უცნობი წარმოშობის კიბოები: ESMO-ის2024 წლის რეკომენდაციები ამ პაციენტებში NGS-ის ჩატარებას ურჩევს.
  • რეპროდუქციული მედიცინა: მემკვიდრეობითი კიბოს გენის მატარებელ წყვილებში ემბრიონის გადატანამდე გენეტიკური დიაგნოსტიკა (პრეიმპლანტაციური გენეტიკური დიაგნოსტიკა).

რას ამბობს სახელმძღვანელოები?

ESMO-ის ზუსტი მედიცინის სამუშაო ჯგუფმა2020 წელს შორსწასული არაბრტყელუჯრედოვანი არაწვრილუჯრედოვანი ფილტვის, პროსტატის, საკვერცხისა და სანაღვლე გზების კიბოს დროს რუტინული NGS რეკომენდაცია გასცა; კოლორექტალურ კიბოში NGS ერთგენიანი ტესტების ალტერნატივად ჩაითვალა.2024 წლის განახლებამ სიას დაუმატა შორსწასული ძუძუს კიბო, ზოგი იშვიათი კიბო (კუჭ-ნაწლავის სტრომული სიმსივნე, რბილი ქსოვილების სარკომები, ფარისებრი ჯირკვლის კიბო) და უცნობი წარმოშობის კიბოები . სიმსივნის ტიპისგან დამოუკიდებელი ბიომარკერები (NTRK, RET, BRAF V600E, MSI-H, TMB-H) კი სიმსივნის ტიპის მიუხედავად მნიშვნელოვანია. აშშ-ში NCCN სახელმძღვანელოებიც მრავალი შორსწასული კიბოს დროს „ფართო მოლეკულურ პროფილირებას“ ურჩევს.

სურათი3 · როგორ წავიკითხოთ NGS დასკვნა?

დასკვნაში აღმოჩენილ ყველა ცვლილებას ერთი მნიშვნელობა არ აქვს. მოქმედებას მიგნების ტიპი განსაზღვრავს.

სიმსივნის NGS დასკვნა მიგნება რა უნდა გაკეთდეს? მკურნალობისთვის გამოსადეგიცვლილება (ESCAT I-II) მიზნობრივი პრეპარატიან იმუნოთერაპია კვლევის დონეზე არსებულისამიზნე (ESCAT III-IV) კლინიკური კვლევისშესაძლებლობის გარკვევა გაურკვეველი მნიშვნელობისვარიანტი (VUS) ?მკურნალობის გადაწყვეტილებაშიარ გამოიყენება შესაძლო მემკვიდრეობითიცვლილება სისხლის ტესტით დადასტურება+ გენეტიკური კონსულტაცია MSI-H ან TMB-Hგენომური ხელწერა იმუნოთერაპიისთვალსაზრისით შეფასება წყვეტილი უჯრა: მნიშვნელობა ჯერ უცნობია
განმარტება: მარცხენა სვეტშია NGS დასკვნაში მოსალოდნელი მიგნებების ტიპები, მარჯვენაში — თითოეულის პრაქტიკული მნიშვნელობა. ESCAT არის ESMO-ის სკალა, რომელიც ცვლილების მკურნალობისთვის მტკიცებულების დონეს ადგენს: I დონე რუტინული გამოყენებისთვის მზად სამიზნეს ნიშნავს, II — სავარაუდოდ სასარგებლოს, მაგრამ ჯერ არასრული მტკიცებულებით, III-IV კი სხვა სიმსივნეებში დადასტურებულ ან ექსპერიმენტულ სამიზნეებს. გაურკვეველი მნიშვნელობის ვარიანტები (VUS) მკურნალობის გადაწყვეტილებაში არ გამოიყენება. შესაძლო მემკვიდრეობითი ცვლილება სისხლის ტესტით უნდა დადასტურდეს და გენეტიკური კონსულტაცია ჩატარდეს. MSI-H და TMB-H მსგავსი გენომური ხელწერები იმუნოთერაპიის თვალსაზრისით ფასდება.

შეზღუდვები და რეალისტური მოლოდინები

NGS ძლიერი ინსტრუმენტია, თუმცა ეს არ ნიშნავს, რომ ყველა პაციენტს „სამიზნეს“ მოუძებნის. Memorial Sloan Kettering-ის MSK-IMPACT ტესტით შემოწმებულ პირველ10.336 პაციენტში სიმსივნეების დაახლოებით %37-ში მკურნალობისთვის ერთი ცვლილება მაინც მოიძებნა, თუმცა პაციენტების დაახლოებით %11-ის გადამისამართება მოხერხდა ამ ცვლილებების მიხედვით კლინიკურ კვლევებში. ჩვენს ქვეყანაშიც მსგავსი სურათია:2026 წლის თურქეთის სამედიცინო ონკოლოგიის კონგრესზე წარდგენილ ერთცენტრიან კვლევაში სომატური NGS ჩატარებული91 პაციენტის მიგნებების%38 მაღალი მტკიცებულების დონეზე იყო (ESCAT I-II), თუმცა პაციენტების%15-მა მიიღო მიზნობრივი მკურნალობა.

ჩვენი შეფასება: რას ველოდოთ და რას არ ველოდოთ NGS-ისგან?
  • მკურნალობისთვის გამოსადეგი ცვლილებების წილი კიბოს ტიპით ძალიან განსხვავდება. ფილტვის ადენოკარცინომაში მაღალია, ზოგ კიბოში — დაბალი. მოლოდინი „ყველა პაციენტს წამალი მოეძებნება“ რეალისტური არაა.
  • მიგნებასა და მკურნალობას შორის შეიძლება მანძილი იყოს. ცვლილების შესაბამისი წამალი ჩვენს ქვეყანაში შესაძლოა რეგისტრირებული ან ანაზღაურებადი არ იყოს, კლინიკურ კვლევაზე წვდომა კი შეზღუდული იყოს.
  • გაურკვეველი მნიშვნელობის ვარიანტები (VUS) ხშირია და შფოთვას იწვევს; მკურნალობის ან ოჯახის სკრინინგის გადაწყვეტილებაში არ გამოიყენება.
  • ქსოვილის პრობლემა: მცირე ბიოფსიებმა, ძველმა ან ცუდად შენახულმა ნიმუშებმა შეიძლება ტესტის წარუმატებლობა გამოიწვიოს. დიაგნოსტიკისას ქსოვილი NGS-ისთვის საკმარისად უნდა დაიგეგმოს.
  • დრო: პასუხის მიღებას დღეები ან კვირები შეიძლება დასჭირდეს. თუ მკურნალობა სწრაფად უნდა დაიწყოს, ონკოლოგთან უნდა დაიგეგმოს, რომელი ტესტი ჩატარდება პირველად.
  • მემკვიდრეობითი მიგნებები: სიმსივნის ტესტებმა მოულოდნელი მემკვიდრეობითი მიგნებები შეიძლება გამოავლინოს; მნიშვნელოვანია პაციენტის წინასწარი ინფორმირება და გენეტიკური კონსულტაციის მხარდაჭერა.
  • „მეტი გენი ყოველთვის უკეთესი“ არაა. მნიშვნელოვანია შესაბამისი კიბოსთვის საჭირო გენების სანდო შესწავლა და შედეგის გამოცდილი გუნდის მიერ ინტერპრეტაცია.

ვითარება თურქეთში

2026 წლის სექტემბრის მდგომარეობით
  • SGK-ის ანაზღაურება: ჯანმრთელობის პრაქტიკის კომუნიკეს (SUT)21 აპრილი2024 ცვლილებით განახლებულ ქულების სიაში ახალი თაობის DNA სეკვენირების პროცედურები გამოკვლეული გენების რაოდენობის მიხედვით (1 გენი,2-4, 5-15, 16-40 და41 და მეტი გენი) ცალკე კოდებითაა მოცემული. ზოგადი NGS პანელებისთვის, სიმსივნის სომატური მუტაციების ანალიზისა და სისხლის თავისუფალი DNA-ის სომატური მუტაციების პანელებისთვის (თხევადი ბიოფსია) ცალკე კოდებია. ტექსტი კიბოს კონკრეტულ ტიპებს არ ჩამოთვლის; განსაზღვრულია ანგარიშსწორების სიხშირე და თითო გენზე შეზღუდვები.
  • თხევადი ბიოფსიის პირობა: სისხლის სომატური მუტაციების პანელებისთვის საჭიროა სამედიცინო კომისიის დასკვნა, რომელშიც სულ მცირე ერთი სამედიცინო გენეტიკის სპეციალისტი და სამედიცინო ონკოლოგი მონაწილეობენ.
  • კანონმდებლობა: გენეტიკური დიაგნოსტიკის ცენტრებს2020 წლის გენეტიკური დაავადებების შეფასების ცენტრების რეგულაცია ეხება; ცენტრის ხელმძღვანელი სამედიცინო ან ბავშვთა გენეტიკის სპეციალისტი უნდა იყოს.
  • გამოყენება ფართოვდება: შვიდი ცენტრის1.023 მეტასტაზური ფილტვის კიბოს პაციენტის კვლევაში (2018-2025) პაციენტების%52-ს NGS ჩაუტარდა;2025 წელს NGS-ის გამოყენებამ %90-ს გადააჭარბა. პაციენტების%28-ში სამიზნე ცვლილება მოიძებნა (EGFR %16, ALK %5).
  • კერძო ტესტების ფასები: დაწესებულებისა და ტესტის მიხედვით იცვლება; სანდო და მიმდინარე ფასის ინფორმაცია ვერ მოვიპოვეთ.
  • თურქეთის გენომის პროექტი: 2019 წელს ჯანდაცვის სამინისტროსა და TÜSEB-ის გამოცხადებულ პროექტში რამდენიმე წელიწადში100.000 ადამიანის გენომის განსაზღვრა იგეგმებოდა; პროექტის მიმდინარე მდგომარეობის დადასტურებულ მონაცემებს ვერ მივაკვლიეთ.

ჩვენს ქვეყანაში მიზნობრივი წამლების ხელმისაწვდომობას FDA-ის დამტკიცებული ახალი კიბოს წამლები: თურქეთში ხელმისაწვდომობის რუკის სტატიაში ვადევნებთ თვალს.

ხშირად დასმული კითხვები

ყველა კიბოს პაციენტს უნდა ჩაუტარდეს NGS?
არა. სახელმძღვანელოები NGS-ს განსაკუთრებით შორსწასულ ფილტვის, პროსტატის, საკვერცხის, სანაღვლე გზებისა და ძუძუს კიბოში, უცნობი წარმოშობის კიბოებსა და ზოგ იშვიათ სიმსივნეში ურჩევს. მრავალი ადრეული კიბოს მკურნალობის გადაწყვეტილება NGS-ს არ ეფუძნება. ტესტის საჭიროებას თქვენი ონკოლოგი განსაზღვრავს.
ტესტისთვის ახალი ბიოფსია საჭიროა?
ხშირად არა; შეიძლება დიაგნოსტიკისას აღებული და პათოლოგიაში შენახული ქსოვილი (პარაფინის ბლოკი) გამოიყენონ. არასაკმარისი ქსოვილისას ახალი ბიოფსია ან სისხლის თხევადი ბიოფსია განიხილება.
რამდენ ხანში მიიღება პასუხი?
დამოკიდებულია ლაბორატორიასა და ტესტზე; ჩვეულებრივ რამდენიმე დღიდან რამდენიმე კვირამდეა.
სიმსივნის NGS და მემკვიდრეობითი გენეტიკური ტესტი ერთი და იგივეა?
არა. სიმსივნის ტესტი სიმსივნურ უჯრედებში მოგვიანებით წარმოქმნილ ცვლილებებს ეძებს. მემკვიდრეობითი ტესტი კი სისხლიდან ან ნერწყვიდან ტარდება და დაბადებიდან არსებულ ცვლილებებს ეძებს. სიმსივნის ტესტმა მემკვიდრეობით ცვლილებაზე შეიძლება მიანიშნოს, თუმცა სისხლის ტესტით დადასტურებაა საჭირო.
დასკვნაში „გაურკვეველი მნიშვნელობის ვარიანტი“ წერია. უნდა ვინერვიულო?
ჩვეულებრივ არა. ეს ნიშნავს, რომ ჯერ უცნობია, საზიანოა თუ არა ცვლილება. ასეთი ვარიანტები მკურნალობის გადაწყვეტილებაში არ გამოიყენება და დროთა განმავლობაში მათი უმეტესობა უვნებელი აღმოჩნდება.
ანაცვლებს თხევადი ბიოფსია ქსოვილის ბიოფსიას?
სრულად არა. თხევადი ბიოფსია ძალზე ღირებულია ქსოვილის აღების შეუძლებლობისას ან რეზისტენტობის მუტაციების მონიტორინგისთვის. თუმცა თუ სიმსივნე სისხლში საკმარის DNA-ს არ გამოყოფს, შედეგი შეიძლება ცრუ უარყოფითი იყოს; მაშინ ქსოვილის ტესტია საჭირო.
რა ხდება, თუ NGS პასუხში სამიზნე არ მოიძებნა?
ეს არ ნიშნავს, რომ მკურნალობის არჩევანი არ გაქვთ. ქიმიოთერაპია, იმუნოთერაპია და სხვა სტანდარტული მკურნალობები კვლავ გამოიყენება; ასევე დაავადების მიმდინარეობაში ახალი ტესტები და წამლები შეიძლება გახდეს აქტუალური.

ლექსიკონი

ახალი თაობის სეკვენირება (NGS)
სეკვენირების ტექნოლოგია, რომელშიც მილიონობით DNA ან RNA ფრაგმენტი ერთდროულად იკითხება. მასობრივ პარალელურ სეკვენირებასაც უწოდებენ.
Sanger-ის სეკვენირება
1977 წელს შემუშავებული კლასიკური მეთოდი, რომელიც DNA-ს ფრაგმენტებს ცალ-ცალკე კითხულობს.
წაკითხვის სიღრმე (დაფარვა)
რამდენჯერ იკითხება DNA-ის ერთი უბანი. სიღრმის მატებასთან ერთად შედეგი უფრო სანდოა.
ვარიანტის ალელის სიხშირე (VAF)
უბნის მომცველი წაკითხვების რამდენ პროცენტში გვხვდება ცვლილება.
სომატური / germline
სომატური: მხოლოდ სიმსივნეში არსებული, არამემკვიდრეობითი ცვლილება. Germline: დაბადებიდან ყველა უჯრედში არსებული, მემკვიდრეობითი ცვლილება.
შერწყმული გენი
ორი სხვადასხვა გენის შეერთებით წარმოქმნილი პათოლოგიური გენი; მრავალი მიზნობრივი მკურნალობის სამიზნეა.
MSI / TMB
მიკროსატელიტური არასტაბილურობა და სიმსივნის მუტაციური დატვირთვა; სიმსივნის საერთო მუტაციური დონის მაჩვენებელი, იმუნოთერაპიის პასუხთან დაკავშირებული გენომური ხელწერები.
ctDNA
სისხლში მოცირკულირე სიმსივნური წარმოშობის თავისუფალი DNA ფრაგმენტები.
გაურკვეველი მნიშვნელობის ვარიანტი (VUS)
გენეტიკური ცვლილება, რომლის დაავადებასთან კავშირი ჯერ უცნობია.
თანმხლები დიაგნოსტიკური ტესტი
ტესტი, რომელიც კონკრეტულ წამალთან ერთად მტკიცდება იმის დასადგენად, რომელ პაციენტებში უნდა გამოიყენონ იგი.

DROZDOGAN აკადემიის კომენტარი

NGS-მა ბოლო ათწლეულში ონკოლოგიის კითხვას „რომელი ორგანოს კიბოა?“ დაამატა კითხვა „რომელი გენეტიკური ცვლილება აქვს?“. დღეს მრავალ კიბოში, უპირველესად შორსწასულ ფილტვის კიბოში, NGS-ის გარეშე საუკეთესო მკურნალობის არჩევა შეუძლებელია.

⚡ რატომ არის მნიშვნელოვანი

ერთი ტესტით ათეულობით ან ასობით გენის შესწავლა ქსოვილს ეფექტიანად იყენებს, დროს ზოგავს და იშვიათი, მაგრამ მკურნალობადი ცვლილებების (NTRK, RET, NRG1 შერწყმების მსგავსი) გამოტოვებას გვარიდებს. სიმსივნის ტიპისგან დამოუკიდებელმა დამტკიცებებმა NGS იშვიათ სიმსივნეებშიც შეუცვლელი გახადა.

✅ ძლიერი მხარეები

მაღალი მგრძნობელობა; მუტაციების, შერწყმების, ასლების რაოდენობისა და გენომური ხელწერების (MSI, TMB) ერთდროული ანალიზი; სისხლიდან ჩატარების შესაძლებლობა; მემკვიდრეობითი მიდრეკილების გამოვლენაც. FDA-ის დამტკიცებული თანმხლები დიაგნოსტიკური ტესტებითა და ESMO-ის რეკომენდაციებით კლინიკური ადგილი მყარია. თურქეთში SGK-ით ანაზღაურდება და ფილტვის კიბოში გამოყენება სწრაფად იზრდება.

⚠️ შეზღუდვები

მხოლოდ პაციენტების ნაწილში მოიძებნება მკურნალობისთვის გამოსადეგი ცვლილება და მათგანაც მხოლოდ ნაწილი იღებს შესაბამის წამალს. შედეგებს გამოცდილი ინტერპრეტაცია სჭირდება; გაურკვეველი მნიშვნელობის ვარიანტებმა და მოულოდნელმა მემკვიდრეობითმა მიგნებებმა პაციენტი შეიძლება დააბნიოს. ქსოვილის ხარისხი, დრო და ღირებულება პრაქტიკული მნიშვნელოვანი დაბრკოლებებია.

🩺 როგორ მოვიქცეთ პრაქტიკაში
  1. თუ შორსწასული კიბოს დიაგნოზი დაგისვეს, თქვენს ონკოლოგს თქვენთვის NGS-ის საჭიროების შესახებ ჰკითხეთ.
  2. ბიოფსიის დაგეგმვისას მოლეკულური ტესტებისთვის საკმარისი ქსოვილის აღების მნიშვნელობა შეახსენეთ.
  3. დასკვნა აუცილებლად თქვენს ონკოლოგთან ერთად შეაფასეთ; თუ შესაძლებელია, მოლეკულურ სიმსივნურ საბჭოზე განხილვა ითხოვეთ.
  4. თუ დასკვნაში შესაძლო მემკვიდრეობითი ცვლილებაა, გენეტიკური კონსულტაცია მიიღეთ; ეს ოჯახის წევრებისთვისაც შეიძლება მნიშვნელოვანი იყოს.
  5. ინტერნეტში გაყიდულ, ექიმის მიმართვის გარეშე „კიბოს გენურ ტესტებს“ სიფრთხილით მოეკიდეთ.
❓ ღია კითხვები

იქცევა მთელი გენომის სეკვენირება სიმსივნის რუტინულ ტესტად? შეცვლის სისხლის ნარჩენი დაავადების ტესტები ოპერაციის შემდგომი მკურნალობის გადაწყვეტილებებს? რამდენად დააჩქარებს ხელოვნური ინტელექტი NGS მონაცემების ინტერპრეტაციას? და უმთავრესი: როგორ უზრუნველყოფენ ყველა ნაპოვნი სამიზნის შესაბამის მკურნალობაზე ხელმისაწვდომობას?

ჩვენი მოკლე შეფასება: ახალი თაობის სეკვენირება თანამედროვე ონკოლოგიის ერთ-ერთი ძირითადი დიაგნოსტიკური ინსტრუმენტია. შორსწასული ფილტვის, პროსტატის, საკვერცხის, სანაღვლე გზებისა და ძუძუს კიბოსა და უცნობი წარმოშობის კიბოებში სახელმძღვანელოებით რეკომენდებული სტანდარტული ტესტია. თუმცა NGS „სასწაულმოქმედი ტესტი“ არაა; ღირებულება სწორ პაციენტში სწორ დროს ჩატარებასა და გამოცდილი გუნდის მიერ შედეგის მკურნალობად გარდაქმნაზეა დამოკიდებული.

გამჭვირვალობის შენიშვნა
  • ეს სტატია ჩვენს საიტზე არსებული წინა NGS სტატიის განახლებული და გაფართოებული ვერსიაა. მომზადებულია2026 წლის სექტემბრის მდგომარეობით საჯარო წყაროებზე დაყრდნობით (აშშ-ის ადამიანის გენომის კვლევის ეროვნული ინსტიტუტი, Ensembl, ნობელის ფონდი, Illumina, FDA, CMS, Foundation Medicine-ის ტექნიკური დოკუმენტები, კომპანიების პრესრელიზები, პროფესიული ახალი ამბების წყაროები, SGK კომუნიკე, ოფიციალური გაზეთი და თურქეთში გამოქვეყნებული კვლევები).
  • წინა ვერსიაში შესწორებული: ადამიანს23 კი არა,23 წყვილი (46) ქრომოსომა აქვს; ცილის მაკოდირებელი გენების რაოდენობა დაახლოებით25.000 კი არა, დაახლოებით19.900-ია; ცილის მაკოდირებელი ნაწილი გენომის დაახლოებით%1,5-ია;2010 წლამდეც გამოიყენებოდა Sanger-ის სეკვენირება (1977) და კომერციული NGS (2005 წლის შემდეგ); NGS-ს მთელი გენომის წაკითხვაც შეუძლია; სიმსივნის ტესტებში თითო უბანზე10-20-ის ნაცვლად ასობით წაკითხვაა.
  • მეორეული წყაროდან გადმოცემული: ESMO-ის2024 წლის რეკომენდაციების მოცულობა, პირველადი სტატიის მიუწვდომლობის გამო, კომპანიის მიმოხილვიდანაა; სიმსივნურ ქსოვილში მემკვიდრეობითი ცვლილებების წილი (%17 და%8) პროფესიული ჟურნალის ამბიდან; სიმსივნის ტიპისგან დამოუკიდებელი დამტკიცებების ზოგი თარიღი პროფესიული ახალი ამბების წყაროდანაა აღებული. პირველი კომერციული NGS პლატფორმების ისტორიისთვის ენციკლოპედიური წყარო გამოიყენეს.
  • SUT ინფორმაცია: კოდი და პირობები21 აპრილი2024 კომუნიკეს ტექსტის შეჯამებიდანაა გადმოცემული; პრაქტიკაში მიმდინარე პირობებისთვის SGK-ის მოქმედ ტექსტს უნდა მიმართოთ. კერძო ტესტების ფასები და თურქეთის გენომის პროექტის მიმდინარე მდგომარეობა ვერ დადასტურდა.
  • ზოგად ცოდნაზე დაფუძნებული: კიბოს ტიპების მიხედვით საძიებო ცვლილებების ცხრილი, კლონური ჰემატოპოეზი, DPYD ფარმაკოგენეტიკა, RNA-ზე დაფუძნებული ტესტების უპირატესობა შერწყმებისას და NCCN რეკომენდაციები მოცემულია როგორც დამკვიდრებული ონკოლოგიური ცოდნა.
  • „ჩვენი შეფასების“ ნაწილი და აკადემიის კომენტარი ჩვენ გვეკუთვნის.
  • სქემები ტექსტის დადასტურებული ფორმულირებებიდანაა მიღებული; ახალ მონაცემებს არ შეიცავს.
  • ეს სტატია პერსონალური სამედიცინო რჩევა არაა. გენეტიკური ტესტის გადაწყვეტილებები თქვენს ონკოლოგთან და, საჭიროებისას, სამედიცინო გენეტიკის სპეციალისტთან ერთად უნდა მიიღოთ.

წყაროები

  1. National Human Genome Research Institute. ადამიანის გენომის პროექტის საინფორმაციო ფურცელი; ადამიანის გენომის სეკვენირების ღირებულება; გენეტიკის ლექსიკონი: ეგზომი, ქრომოსომა.
  2. NHGRI. მკვლევრებმა ადამიანის გენომის პირველი სრული, ხარვეზების გარეშე თანმიმდევრობა შექმნეს.31 მარტი2022.
  3. Ensembl 116 (GENCODE 50, GRCh38.p14). ადამიანის გენომის ანოტაციის სტატისტიკა. ივნისი2026.
  4. Nobel Prize Outreach. Frederick Sanger, ნობელის პრემია ქიმიაში1980: ფაქტები.
  5. Illumina. ახალი თაობის სეკვენირების შესავალი; სეკვენირების ტექნოლოგია; სეკვენირების დაფარვა.
  6. Illumina. NovaSeq X Series-ის გამოშვება. პრესრელიზი,29 სექტემბერი2022.
  7. Foundation Medicine. FoundationOne CDx და FoundationOne Liquid CDx ტექნიკური საინფორმაციო ინსტრუქციები.
  8. FDA / Thermo Fisher. FDA ამტკიცებს პირველ თანმხლებ დიაგნოსტიკურ ტესტს არაწვრილუჯრედოვანი ფილტვის კიბოს მრავალი მკურნალობის ერთდროული სკრინინგისთვის (Oncomine Dx Target Test).22 ივნისი2017.
  9. Memorial Sloan Kettering. FDA ნებართვას აძლევს პაციენტის სიმსივნეების საანალიზო MSK-IMPACT ტესტს.15 ნოემბერი2017; NCI Cancer Currents: გენომური პროფილირების ტესტები.
  10. CMS. FDA აცხადებს დამტკიცებას, CMS კი გვთავაზობს კიბოს მრავალი ბიომარკერის აღმომჩენი პირველი გარღვევის სტატუსის მქონე ტესტის (FoundationOne CDx) დაფარვას.30 ნოემბერი2017.
  11. Guardant Health. FDA ამტკიცებს თხევადი ბიოფსიის პირველ ახალი თაობის სეკვენირების თანმხლებ დიაგნოსტიკურ ტესტს.7 აგვისტო2020.
  12. OncLive. FDA ამტკიცებს FoundationOne Liquid CDx-ს სოლიდური სიმსივნეებისთვის. აგვისტო2020; T-DXd-ისა და რეპოტრექტინიბის სიმსივნის ტიპისგან დამოუკიდებელი დამტკიცებები სფეროს წინ სწევს.2024.
  13. FDA. FDA პემბროლიზუმაბს აჩქარებულად ამტკიცებს პირველი ქსოვილის/ლოკალიზაციისგან დამოუკიდებელი ჩვენებისთვის.23 მაისი2017.
  14. FDA. FDA ამტკიცებს ლაროტრექტინიბს NTRK გენის შერწყმების მქონე სოლიდური სიმსივნეებისთვის.26 ნოემბერი2018.
  15. FDA. FDA ამტკიცებს პემბროლიზუმაბს ზრდასრულებისა და ბავშვებისთვის TMB-H სოლიდური სიმსივნეებით.16 ივნისი2020.
  16. Mosele MF და თანაავტორები. ახალი თაობის სეკვენირების (NGS) გამოყენების რეკომენდაციები შორსწასული კიბოს პაციენტებისთვის2024 წელს: ESMO-ის ზუსტი მედიცინის სამუშაო ჯგუფის ანგარიში. Ann Oncol.2024 (SOPHiA Genetics-ის მიმოხილვის მეშვეობით).
  17. CAP TODAY. ზრდის სივრცე: სიმსივნისა და მემკვიდრეობითი ხაზის სეკვენირება (Stadler და თანაავტორები, JCO 2021).
  18. სოციალური უზრუნველყოფის დაწესებულება. ჯანმრთელობის პრაქტიკის კომუნიკეში ცვლილების კომუნიკე, დანართი-2/B. ოფიციალური გაზეთი,21 აპრილი2024, ნომერი32524.
  19. გენეტიკური დაავადებების შეფასების ცენტრების რეგულაცია. ოფიციალური გაზეთი,10 იანვარი2020, ნომერი31004.
  20. Karaoğlu და თანაავტორები. NGS-ის გამოყენება მეტასტაზურ არაწვრილუჯრედოვან ფილტვის კიბოში, თურქეთის მრავალცენტრიანი მონაცემები. Genes.2025;16(12):1446.
  21. Yazkaç და თანაავტორები. სომატური NGS შედეგები და მიზნობრივ მკურნალობაზე ხელმისაწვდომობა. თურქეთის სამედიცინო ონკოლოგიის კონგრესის2026 მოხსენება.
  22. Yeni Şafak. თურქი ადამიანის გენეტიკური რუკა დგება (თურქეთის გენომის პროექტი).5 ნოემბერი2019.

წყაროები

Rick Kamps ve ark.
Next-Generation Sequencing in Oncology: Genetic Diagnosis, Risk Prediction and Cancer Classification.
Int J Mol Sci, Feb 2017.
DROZDOGAN-ის ხელოვნური ინტელექტი

ერთად განვიხილოთ ეს სტატია

დასვით კითხვები სტატიის შესახებ და წაიკითხეთ პასუხები ჩვენი საიტის გამოქვეყნებულ წყაროებთან ერთად.

DROZDOGAN-ის ხელოვნური ინტელექტი

Drozdogan-ის ასისტენტი

რა არის ახალი თაობის სეკვენირება (Next-Generation Sequencing, NGS)? გამოყენება ონკოლოგიაში

დასვით კითხვები სტატიის შესახებ და წაიკითხეთ პასუხები ჩვენი საიტის გამოქვეყნებულ წყაროებთან ერთად.

საუბრისა და კონფიდენციალურობის შესახებ ინფორმაცია

ამ საუბარში პასუხობს Drozdogan-ის ასისტენტი. საიტის უფლებამოსილმა ადმინისტრატორებმა შესაძლოა იგი ხარისხის შესამოწმებლად განიხილონ. არ გააზიაროთ პირადი ინფორმაცია.

პასუხები მზადდება OpenAI-ის ინფრასტრუქტურით. კითხვებსა და პასუხებს ამუშავებს ეს სერვისი; საუბრის ჩანაწერები ინახება ჩვენს საიტზე. არ გააზიაროთ საიდენტიფიკაციო, საკონტაქტო ან პირადი ჯანმრთელობის ინფორმაცია.

0 / 1000

მხოლოდ საინფორმაციოდ; არ იძლევა პირად დიაგნოზს ან მკურნალობის რჩევას.

დაკავშირებული სტატიები

გაეცანით სხვა სტატიებს ამ თემაზე.

იყავით ინფორმირებული

მიიღეთ ახალი სტატიები და სამეცნიერო სიახლეები ელფოსტით.

Google Analytics საჯარო გვერდებზე ამ ფანჯრისგან დამოუკიდებლად მუშაობს და შეიძლება ანალიტიკური ქუქიები გამოიყენოს. აქ გაკეთებული არჩევანი მხოლოდ გარე სერვისებს მართავს.