Xərçəngdə düzgün genetik testi seçmək: WGS, WES və hədəfə yönəlmiş sekvensləmə

Onkologiyada WGS, WES və RNAseq-in hədəfə yönəlmiş sekvensləmə ilə müqayisəsi

Hədəfə yönəlmiş müalicə onkologiyada fərdiləşdirilmiş tibbin əsas dayağıdır və xərçəngin yaranma mexanizmlərinə, rezistentlik yollarına aydınlıq gətirməyi hədəfləyir. Lakin tarixən bu yanaşmaların uğur göstəriciləri gözləniləndən aşağı olub. Əsas səbəblər bunlardır:

1. Natamam və ya uyğun olmayan paneldən istifadə: Məsələn, DNA sekvenslənməsinə RNA sekvenslənməsinin əlavə edilməsi hədəflərin müəyyənləşdirilmə göstəricisini 10% və ya daha çox artıra bilər.
2. Sübut çatışmazlığı və müalicə tövsiyələrinin ekspert rəyinə əsaslanması: Beynəlxalq standartlar əvəzinə fərdi ekspert rəyinə əsaslanan müalicə tövsiyələri geniş yayılıb.
3. Dərmanla hədəfin uyğunsuzluğu: İstifadə edilən dərmanlar çox vaxt hədəfə spesifik olmayan inhibitorlardır.
4. Xəstələrin müalicədən əvvəl həddindən artıq zəifləməsi: Sınaqların əksəriyyəti rezistent şişi olan xəstələri əhatə edir.

Bu maneələr zamanla aradan qalxıb və bu gün:

• Daha geniş və uyğun NGS texnologiyaları,
• ESCAT, OncoKB kimi müalicə baxımından tətbiq edilə bilmə şkalaları,
• Selektiv dərmanlara çıxışın artması və
• Molekulyar testlərin xəstəliyin erkən mərhələlərində tətbiqi geniş yayılıb.

Müasir NGS mənzərəsi: haradayıq?

Bu gün hədəfə yönəlmiş NGS terapevtik hədəflərin müəyyənləşdirilməsi, fərdiləşdirilmiş müalicə hazırlanması və rezistentlik mexanizmlərinin anlaşılması baxımından getdikcə daha çox təsdiqlənir. Məsələn:

• ESMO (Avropa Tibbi Onkologiya Cəmiyyəti) tərəfindən ağciyər, yumurtalıq və prostat xərçəngi və xolangiokarsinoma üçün NGS-nin rutin istifadəsi tövsiyə olunur.
• SAFIR02-BREAST kimi klinik sınaqlar genomik profilləməyə əsaslanan müalicə yanaşmasının proqressiyasız sağqalımı artırdığını göstərib.

Geniş panel sekvenslənməsi adətən müəyyən genləri və ya mutasiyaları aşkarlamaq üçün hazırlanmış panellərdən istifadə edir. Bu üsul müəyyən gen bölgələrini dərindən araşdırmağa imkan verir (500 ilə 20000 qat əhatə). Bununla belə, bu yanaşmalar bütün genomun duplikasiyaları, fokal nüsxə artımları, mikrosatellit qeyri-sabitliyi (MSI) kimi genişmiqyaslı genetik hadisələri aşkarlamaqda yetərsiz qala bilər.

WGS və WES ilə yeni üfüqlər

WGS və WES-in üstünlüklərinə bunlar daxildir:

• Daha yüksək həssaslıq: bütün genomun mutasiya imzalarının və genomik yenidənqurulmaların aşkarlanması,
• Hədəfə yönəlmiş panellərdə olmayan meyillilik yaradan variantların müəyyənləşdirilməsi,
• Şiş mikromühitinin gen ekspressiyası üzrə profillənməsi və biomarkerlərin aşkarlanması.

Lakin bu üsulların tətbiqində aşağıdakı çətinliklər var:

• Artan xərc və uzun təhlil müddəti,
• FFPE nümunələrindən alınan aşağı keyfiyyətli DNA-nın xəta göstəricilərini artırması,
• Şiş saflığına qoyulan daha sərt tələblər.

Onkologiyada gələcək perspektivləri

NGS texnologiyaları arasında seçim yalnız xərc və məlumat həcminə deyil, klinik şəraitə və tədqiqat sualının mahiyyətinə də əsaslanır:

• Hədəfə yönəlmiş NGS məlum variantların sürətli aşkarlanmasına və hədəflənən gen bölgələrinin dərin təhlilinə uyğundur.
• WGS və WES daha geniş genetik variantları kəşf etmək və tədqiqat yönümlü sualları cavablandırmaq üçün idealdır.
• RNAseq füzyon genləri və ekzon atlanması kimi hadisələri müəyyən etmək üçün standart sayılır.

Gələcəkdə WGS və WES-in daha geniş yayılması bu texnologiyalara çıxışın artması və xərclərin azalması ilə mümkün olacaq. Lakin onların gündəlik klinik praktikaya inteqrasiyası xəstə yönümlü qayğı üçün molekulyar şiş şuraları kimi ixtisaslaşmış mərkəzlər tələb edəcək.

Nəticə və şərh

Nəticə etibarilə yeni nəsil sekvensləmə (NGS) texnologiyaları arasında düzgün üsulun seçilməsi klinik şəraitə və tədqiqat ehtiyaclarına görə dəyişir. WES (bütün ekzonların sekvenslənməsi) geniş genetik variant spektrini sürətlə yoxlamaq üçün ideal üsuldur və buna görə geniş genetik mənzərə təqdim edir. Lakin WES adətən daha az həssasdır və hədəfə yönəlmiş sekvensləmə qədər yüksək ayırdetmə qabiliyyəti vermir. Hədəfə yönəlmiş sekvensləmə (target sequencing) xüsusilə somatik və ya germinal onkoloji araşdırmalarda qızıl standart sayılır və mühüm gen bölgələrini dərin təhlil etmək üçün bənzərsiz həssaslıq verir.

Genetik bilikləri olmayan şəxslərə fərqi belə izah edə bilərik: WES ilə kitabxanadakı bütün kitabları skan edib sürətlə rəqəmsal şəkildə yenidən yaza bilərsiniz, lakin kitablardakı şəkilləri tam təhlil edə bilməzsiniz. Hədəfə yönəlmiş sekvensləmə isə şəkli yüksək ayırdetmə qabiliyyətli kamera ilə çəkməyə bənzəyir. Bu yanaşma təsviri böyütdükdə belə aydınlığı qoruyur. Əgər WES-i 5 meqapiksellik kamera saysaq, hədəfə yönəlmiş sekvensləmə 100 meqapiksellik kamera kimi işləyir; daha dərin, aydın və təfərrüatlı təhlil verir.

Buna görə NGS texnologiyaları arasında seçim edərkən həm hədəfə yönəlmiş sekvensləmənin yüksək ayırdetmə üstünlükləri, həm də WES-in daha geniş əhatəsi nəzərə alınmalıdır. Bu texnologiyaların birlikdə istifadəsi həm geniş genetik mənzərə əldə etmək, həm də xüsusi variantları yüksək həssaslıqla hədəfləmək üçün güclü strategiya təqdim edir.