Alegerea testului genetic potrivit în cancer: WGS, WES și secvențierea țintită

WGS, WES și RNAseq comparate cu secvențierea țintită în oncologie

Terapia țintită este un pilon al medicinei personalizate în oncologie și urmărește elucidarea mecanismelor cancerului și a căilor de rezistență. Istoric, rezultatele au fost însă sub așteptări, din următoarele motive:

1. Utilizarea unui panel incomplet sau nepotrivit: de exemplu, adăugarea secvențierii ARN la cea a ADN poate crește rata identificării țintelor cu 10% sau mai mult.
2. Lipsa dovezilor și recomandări bazate pe opinia expertului: în locul standardelor internaționale, sunt frecvente recomandările bazate pe opinia individuală a expertului.
3. Nepotrivirea dintre medicament și țintă: medicamentele folosite sunt adesea inhibitori nespecifici țintei.
4. Pacienți prea afectați înaintea tratamentului: majoritatea studiilor includ pacienți cu tumori rezistente.

Obstacolele au fost depășite în timp, iar astăzi sunt tot mai răspândite:

• Tehnologii NGS mai ample și adecvate,
• ESCAT, OncoKB și alte scale de acționabilitate,
• Accesul crescut la medicamente selective și
• Aplicarea testelor moleculare în stadiile precoce.

Peisajul actual NGS: unde ne aflăm?

Astăzi, NGS țintit este tot mai bine validat pentru identificarea țintelor terapeutice, proiectarea tratamentului personalizat și înțelegerea rezistenței. De exemplu:

• ESMO (Societatea Europeană de Oncologie Medicală) recomandă utilizarea de rutină a NGS în cancerul pulmonar, ovarian și de prostată și în colangiocarcinom .
• SAFIR02-BREAST și alte studii clinice au arătat că tratamentul bazat pe profilarea genomică îmbunătățește supraviețuirea fără progresie .

Secvențierea prin paneluri extinse folosește, de obicei, paneluri concepute pentru anumite gene sau mutații. Metoda permite examinarea în profunzime a unor regiuni genice, cu acoperire de 500 până la 20000 de ori. Poate fi însă insuficientă pentru evenimente genetice ample precum duplicarea întregului genom, creșteri focale ale numărului de copii, instabilitatea microsatelitară (MSI) .

Perspective noi prin WGS și WES

Avantajele WGS și WES includ:

• Sensibilitate mai mare: identificarea semnăturilor mutaționale din întregul genom și a rearanjamentelor genomice,
• Identificarea variantelor predispozante care nu sunt incluse în panelurile țintite,
• Profilarea expresiei genice a micromediului tumoral și identificarea biomarkerilor.

Dificultățile aplicării acestor metode sunt:

• Costuri mai mari și analize mai lungi,
• ADN de calitate scăzută din probele FFPE, care crește rata erorilor,
• Cerințe mai stricte privind puritatea tumorală.

Perspective viitoare în oncologie

Alegerea tehnologiei NGS depinde nu doar de cost și volumul datelor, ci și de contextul clinic și natura întrebării de cercetare:

• NGS țintit este adecvat depistării rapide a variantelor cunoscute și analizei în profunzime a regiunilor genice vizate.
• WGS și WES sunt ideale pentru descoperirea unei game mai largi de variante și pentru întrebări orientate spre cercetare.
• RNAseq este considerat standard pentru evenimente precum fuziunile genice și omiterea exonilor.

Extinderea WGS și WES va deveni posibilă prin accesibilitate mai mare și costuri mai mici. Integrarea lor în rutina clinică va necesita însă centre de expertiză, precum comisiile moleculare de tumori, pentru o îngrijire centrată pe pacient.

Concluzie și comentariu

În concluzie, alegerea metodei NGS potrivite depinde de contextul clinic și nevoile cercetării. WES, secvențierea întregului exom, este ideală pentru examinarea rapidă a unei game largi de variante, oferind o perspectivă genetică amplă. Are însă, de obicei, sensibilitate mai mică și nu oferă rezoluția secvențierii țintite. Secvențierea țintită este considerată standardul de aur mai ales în investigațiile oncologice somatice sau germinale și oferă o sensibilitate deosebită pentru analiza aprofundată a regiunilor genice esențiale.

Pentru cineva fără cunoștințe de genetică, diferența poate fi explicată astfel: cu WES puteți scana toate cărțile unei biblioteci și le puteți reproduce rapid digital, dar nu puteți analiza pe deplin imaginile din ele. Secvențierea țintită seamănă, în schimb, cu fotografierea unei imagini cu un aparat de rezoluție mare. Claritatea se păstrează chiar și la mărire. Dacă privim WES ca pe un aparat de 5 megapixeli, secvențierea țintită funcționează ca unul de 100 de megapixeli, oferind o analiză mai profundă, mai clară și mai detaliată.

De aceea, alegerea tehnologiilor NGS trebuie să țină cont atât de rezoluția mare a secvențierii țintite, cât și de acoperirea mai amplă oferită de WES. Utilizarea lor împreună oferă o strategie puternică pentru o perspectivă genetică largă și țintirea sensibilă a variantelor specifice.