Kişisel Genetik Haritamız, Kanserin Gidişatını ve Tedaviye Yanıtını Nasıl Şekillendiriyor?
Her İnsan, Doğuştan Kendi Kanserine Özgü Bir Zemine Sahip Olabilir
Kanserin oluşumu ve seyri, yalnızca yaşam süresince çevresel faktörler ve yaşlanma süreciyle biriken genetik mutasyonlarla değil, bireyin doğuştan getirdiği genetik mirasla da şekillenebileceğini gösteren çığır açıcı bir çalışma, 14 Nisan 2025 tarihinde Cell dergisinde yayımlandı. Bu çalışma, germline (kalıtsal) genetik varyantların, bireyin kanser gelişimindeki rolünü ve tedaviye yanıtını nasıl etkileyebileceğini ortaya koyarak kişiselleştirilmiş onkoloji anlayışına yepyeni bir boyut kazandırıyor.
Türk Araştırmacıdan Yeni Araştırma: Kalıtsal Genetik Varyantlar, Kanserin Biyolojisini Doğrudan Etkileyebilir
New York’taki Mount Sinai Icahn Tıp Fakültesi Genetik ve Genom Bilimleri Bölümü’nden Doç. Dr. Zeynep H. Gümüş, çalışmanın ortak yazarı olarak şu açıklamayı yaptı:
"Her birey, doğuştan itibaren kendine özgü bir genetik varyant kombinasyonu taşır. Bu kalıtsal farklılıklar yalnızca arka planda kalmaz; tümörlerin nasıl oluştuğunu, nasıl evrildiğini ve tedaviye nasıl yanıt verdiğini doğrudan etkileyebilir."
Bu bulgular, kanser tedavisinin yalnızca tümör dokusunun moleküler özelliklerine göre değil, aynı zamanda hastanın kalıtsal genetik altyapısına göre de şekillendirilebileceğini gösteriyor. Bu da onkolojide tümöre değil, tüm hastaya özel tedavi anlayışının önemini bir kez daha vurguluyor.
Grafik Özet
Grafik özetin anlattığı temel mesajları 3 cümleyle şöyle özetleyebiliriz:
-
Kalıtsal genetik varyantlar, kanserin oluşumu ve ilerleyişinde yalnızca risk faktörü olarak değil, protein düzeyinde fonksiyonel etkiler oluşturarak doğrudan rol oynayabilir.
-
Bu varyantlar;
-
Araştırma, bireyin sahip olduğu kalıtsal genetik zemin ile tümör biyolojisi arasında doğrudan bir ilişki olduğunu göstererek, kişiselleştirilmiş onkolojide kalıtsal varyantların göz önünde bulundurulması gerektiğini vurguluyor.
Araştırma Yöntemi: "Hassas Peptidomik" Analiz Neyi Ortaya Koydu?
Araştırma; Mount Sinai, Washington Üniversitesi, Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium ve diğer önde gelen merkezlerin iş birliğiyle yürütüldü. Çalışmada, 10 farklı kanser türünden 1.065 hastanın kalıtsal genetik varyantları analiz edildi.
Toplam 337.469 kalıtsal varyant, şu parametreler açısından detaylı biçimde değerlendirildi:
-
Protein stabilitesi
-
Allel-spesifik gen ifadesi
-
Post-translasyonel modifikasyonlar (özellikle fosforilasyon)
-
Protein yapısında bozulmalar
Kritik Bulgular:
-
ERBB2 ve MAP2K2 genlerinde yer alan varyantların fosforilasyonu etkileyebileceği gösterildi.
-
SIRPA ve GFAP varyantları, özellikle glioblastoma gibi beyin tümörlerinde bağışıklık sistemine karşı tümörün görünürlüğünü azaltabilecek şekilde protein destabilizasyonuna yol açabilir.
-
Kalıtsal risk skoru (poligenik risk skoru), bazı varyantların uzak etkileriyle (distal effects) korele bulundu.
Bu Bulgular Neden Önemli?
Kanserin evriminde kalıtsal genom bir sahne kurar. Bu sahne, hangi somatik mutasyonların önemli olacağını, tümörün ne kadar agresif seyredeceğini ve bağışıklık sisteminin nasıl tepki vereceğini belirleyebilir.
Yani bu çalışma, doktorların sıklıkla karşılaştığı şu durumu açıklayabilir: Neden aynı evrede, aynı genetik mutasyona sahip iki kanser hastası birbirinden bu kadar farklı seyir izleyebiliyor?
Zeynep Gümüş ve Ekibinin Çalışması Yeni Olarak Ne Sunuyor?
1. Kalıtsal Varyantların Proteomik Etkileri İlk Kez Bu Kadar Kapsamlı İncelendi
Önceki çalışmalar çoğunlukla germline varyantların kanser riskine etkisini genom düzeyinde (örneğin BRCA1/2 mutasyonları) ele almıştı. Bu çalışma ise germline varyantların protein düzeyindeki etkilerini—özellikle de protein miktarı, fosforilasyon ve asetilasyon gibi post-translasyonel modifikasyonlar üzerindeki etkilerini—pan-kanser düzeyinde analiz etti. Bu, germline varyantların kanserle ilişkili sinyal yollarını nasıl bozabileceğini anlamamızda büyük bir adım.
2. Germline Varyantlar + 3D Protein Yapıları + PTM Kombinasyonu İlk Kez Birleşti
Bu çalışma, germline varyantlar ile post-translasyonel modifikasyon (PTM) noktalarının yalnızca dizilimsel (lineer) değil, aynı zamanda 3D protein yapısı içinde mekânsal yakınlıklarını da analiz etti. Örneğin, bir germline varyant doğrudan fosforilasyon noktasını etkilemese bile, protein üç boyutlu yapısında o noktaya yakınsa, bu varyantın fonksiyonel etkileri olabileceği gösterildi.
3. Bireysel Risk Skorlarıyla (PRS) Protein Seviyeleri Arasındaki Bağlantılar Ortaya Kondu
Klinikte kullanılan poligenik risk skorları (PRS) şimdiye kadar genelde sadece tanı aracı olarak kullanılıyordu. Bu çalışma, PRS'nin sadece gen düzeyinde değil, protein seviyesi ve proteomik yollar düzeyinde de biyolojik yansımaları olduğunu gösterdi. Bu, bireylerin genetik riskinin biyolojik karşılığını protein düzeyinde ölçebilme potansiyelini ortaya koyuyor.
Kısaca, bu çalışma kalıtsal varyantların sadece DNA düzeyinde değil; RNA, protein ve hatta post-translasyonel modifikasyonlar düzeyinde nasıl işlediğini ve kanserin moleküler evrimine nasıl yön verdiğini ortaya koyarak literatürde önemli bir boşluğu dolduruyor.
Gelecek Adımlar: Bu Bilgi Nerelerde Kullanılacak?
Araştırma ekibi, kalıtsal varyantların özellikle immünoterapilere (bağışıklık sistemi temelli tedaviler) verilen yanıtlardaki rolünü anlamak için çalışmalara devam ediyor. Ayrıca, akciğer kanseri risk öngörüsünde bu bulguların kullanılabileceği belirtiliyor.
Ancak araştırmacılar, bu verilerin büyük ölçüde Avrupa kökenli bireylerden elde edildiğini ve çok-ırklı popülasyonlarda da doğrulanması gerektiğini vurguluyor. Bu da daha adil ve kapsayıcı bir genetik onkoloji anlayışı için önemli bir uyarı.
Sonuç: Kalıtsal Genler, Kanserin Parmak İzini Oluşturuyor
Bu çığır açıcı çalışma, kalıtsal varyantların yalnızca risk hesaplamasında değil, kanserin nasıl ortaya çıktığı, nasıl ilerlediği ve hangi tedaviye nasıl yanıt vereceği konularında da belirleyici olabileceğini gösteriyor. Kanserde "kişiselleştirme" artık yalnızca tümörün moleküler analizine değil, bireyin doğuştan gelen genetik yapısına da dayanacak şekilde yeniden tanımlanıyor.
Bu çalışma ile birlikte şunu söyleyebiliriz:
Kanser yalnızca hücrelerimizin değil, genetik mirasımızın da bir ürünü. Geleceğin kanser tedavileri, bu mirası da dikkate alan daha bütüncül bir yaklaşımla şekillenecek.
Rodrigues FM, Terekhanova NV, Gümüş ZH, et al. Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium. "Precision proteogenomics reveals pan-cancer impact of germline variants." Cell. Published online April 14, 2025
