1021 Genlik Yeni Nesil Genomik Panel: Kanserde Kişiselleştirilmiş Tedaviye Güçlü Bir Adım

Genetik Testler Onkolojiyi Değiştirdi

Bugün artık biliyoruz ki her kanser, genetik olarak benzersizdir. Bu nedenle kişiselleştirilmiş tıbbın en güçlü araçlarından biri, tümörlerin genetik haritasını çıkarmak. Gerek doku örneklerinden gerekse sıvı biyopsilerden alınan örneklerle yapılan geniş kapsamlı genetik analizler, hastaya en uygun tedaviyi belirlememizi sağlıyor.

Uluslararası araştırmacılarla birlikte yürüttüğümüz ve benim de yazarları arasında yer aldığım bu çalışmada, 1021 geni kapsayan kapsamlı bir yeni nesil dizileme (NGS) panelinin hem teknik doğruluğunu hem de klinik kullanım değerini değerlendirdik. Bu çalışma, 20 Haziran 2025 tarihinde International Journal of Molecular Sciences dergisinde yayımlandı ve onkolojide genetik testlerin sunduğu olanakları bir kez daha gözler önüne serdi.

Çalışmanın Özeti: 1300’ü Aşkın Tümör Örneğinde Test Edildi

Yukarıdaki grafik, 1021 genlik NGS paneli ile analiz edilen 1300’ü aşkın kanser hastasında görülen kanser türü dağılımını göstermektedir.

Çalışma kapsamında,

• Toplam 1368 hasta örneği incelendi; 1345 örnekte (%98,3) başarılı NGS analizi yapıldı.

• Toplam 10.805 genetik değişiklik tespit edildi; bunların %66’sı "onkogenik" veya "muhtemel onkogenik" olarak sınıflandırıldı.

• Hastaların %50’den fazlasında tedavi edilebilir (on-label veya off-label) genetik değişiklikler bulundu.

• TMB (Tümör Mutasyon Yükü) ve MSI (Mikrosatellit İnstabilite) gibi immünoterapilerle ilişkili biyobelirteçlerin tespiti, altın standart yöntemlerle yüksek uyum gösterdi.

Başlıca Bulgular: Klinik Anlamlılıkta Güçlü Performans

Yukarıda, 1021 genlik NGS paneli ile analiz edilen tümör örneklerinde elde edilen klinik uygulanabilirlik (clinical actionability) sonuçlarını göstermektedir.

• %12,6 hastada onaylı (on-label) hedefe yönelik tedavi imkânı bulundu.

• %43,9 hastada onkolojik kılavuz dışında (off-label) tedaviye uygun mutasyonlar tespit edildi.

• %26,2 hasta ise klinik araştırmalara uygun genetik değişiklikler taşıyordu.

• Diğer kategoriler arasında tedaviye direnç mutasyonları (%5,9), belirsiz varyantlar (VUS, %2,5), normal gen yapısı (wild-type, %3,3) ve uygulanabilirliği bilinmeyen mutasyonlar (%5,6) yer alıyor.

1. Hedeflenebilir Mutasyonlar:

• Hastaların %12,6’sında onaylı (on-label) hedefe yönelik tedavilere uygun genetik değişiklikler vardı.

• Bu oran, immünoterapiye uygun biyobelirteçler (örneğin TMB>10 mut/Mb, MSI-H) dahil edildiğinde %20,15’e çıktı.

• En sık hedeflenen genler: TP53 (%47,6), KRAS (%26,2), PIK3CA (%12,8), BRCA1/2 (%8,3), ERBB2 (%14,8)

2. Doku-Sıvı Biyopsi Uyumlu Analiz:

• 10 hastada hem FFPE (doku) hem de plazma (sıvı biyopsi) analizleri karşılaştırıldı.

• %70 uyum sağlandı. Uyuşmayan 3 vakada plazma örneklerinde ctDNA tespit edilememesi, hastaların tedavi altında olmalarına bağlandı.

3. HRR ve PARP İnhibitörleri İçin Öngörü:

• 1345 hastanın %19,8’inde HRR yolaklarıyla ilişkili mutasyonlar bulundu.

• Özellikle BRCA1/2 (%3,7), ATM gibi genlerde varyantlar, bazı hastaları PARP inhibitörleri gibi özel tedavilere aday yapıyor.

4. İmmünoterapi Biyobelirteçleri:

• MSI-H: Sadece %1,2 hastada saptandı (çoğu kolorektal kanser).

• TMB >10 mut/Mb: %9,2 hastada görüldü (özellikle akciğer, meme, kolorektal tümörler).

Teknik Güvenilirlik: Klinik Uygulama İçin Hazır

• %100’e yakın doğrulukla SNV, indel, CNV ve füzyonları tespit etti.

• VAF (variant allele frequency) %0,5 gibi düşük oranlarda bile yüksek hassasiyet gösterdi.

• Diğer yöntemlerle kıyaslandığında, %90 üzeri uyum oranı yakaladı (özellikle HER2, ALK, TMB, MSI için).

Hibrit Yöntem Avantajı: Sıvı Biyopsiyle Gerçek Zamanlı Takip

• Panel, amplicon tabanlı testlere göre daha geniş genomik alanları kapsıyor.

• Hibrit yakalama teknolojisi, düşük ctDNA düzeylerinde bile hassas tespit sağlıyor.

• Bu sayede hastalığın gidişatını, tedaviye yanıtı ya da direnç mutasyonlarını plazmadan takip etmek mümkün oluyor.

Klinik Pratikte Ne Anlama Geliyor?

Bu panel, tümör biyolojisinin en ince detaylarına ulaşarak hem doku hem sıvı örneklerden güvenilir ve kapsamlı genetik bilgi sağlayabiliyor. Böylece:

• Tedavi seçimini doğrudan etkileyen mutasyonların yakalanması sağlanıyor.

• Tümör biyolojisine dayalı tedavi planlaması mümkün oluyor.

• Tedaviye direnç gelişimini ya da yeniden hastalık oluşumunu erkenden tespit etme potansiyeli artıyor.

Sonuç: Kişiselleştirilmiş Tıbbın Güçlü Bir Aracı

Bu çalışma, 1021 genlik NGS panelinin hem teknik doğruluk hem de klinik anlamlılık açısından güçlü bir araç olduğunu ortaya koyuyor. Özellikle nadir mutasyonları saptayabilme kapasitesi, dokuya erişilemeyen durumlarda sıvı biyopsi ile analiz yapabilme yeteneği ve geniş kapsamı sayesinde, bu panelin kanser tedavisinde kişiselleştirilmiş yaklaşımı bir üst seviyeye taşıyabileceği öngörülüyor.