Tümörü izlemek ve kanser yayılımını saptamak için OYUN TEKNOLOJİSİ

Yunan görme ve basiret tanrıçasının adı olan Theia, oyun teknolojisinin kullanıldığı yeni bir sanal kanser izleyicisine ilham verdi.

Hali hazırda iki boyutlu teknolojiler, milyonlarca hücreden gelen veri kümelerinden kanser hücre modelleri üretebiliyor. Ancak hedef daha iyisi: 3 boyutu (3D) modeller! Birleşik Krallık'taki Cambridge Enstitüsü'nden kıdemli yazar Gregory Hannon tarafından yönetilen geliştiricilere göre, üç boyutlu kanser modellemesine yönelik bir pilot uygulama, daha önce mümkün olmadığı düşünülen içgörüleri çıkarmasına izin verecek.

3D modellerle araştırmacılar, tümör gelişimini, kanser yayılımını ve tedaviye direnci daha hassas bir şekilde izleyebilecek ve bu da daha iyi tarama araçları ve tedavilerine yol açabilecek.

Tümörlere 3 boyutlu bir bakış

Theia tümör izleyici açık kaynaklı bir platformdur. Bu uygulamada dünyanın dört bir yanından araştırmacılar, işbirliği yapmak, analiz etmek, işlemek ve veri kümelerini keşfetmek için aynı anda etkileşimli oturumlara sahip olabilir.

Kullanıcılar temel araç setini 30 dakikadan daha kısa bir sürede öğrenebilir. Yazılım, yaygın olarak bulunan ve ucuz sanal gerçeklik donanımıyla uyumludur.

Bu alanda çalışan meme kanseri araştırmacılarına göre Theia gibi teknolojilerin biyoloji üzerinde önemli bir etkisi olacak.

Theia ile, "kullanıcılar kelimenin tam anlamıyla verilerin içine girebilirler", şeklinde belirtiyor yazarlar.

Aynı kanser türleri farklı kişilerde değişebilir, çünkü her bir kütle/tümör benzersiz bir uzaysal model oluşturan hücreler içerir. Bu teknoloji ile kullanıcılar, hastalığın seyri üzerinde derin bir etkiye sahip olan 2D modelleme ile görünmeyen bu tümör ortamı bağlamında belirli tümör hücrelerinin özelliklerini ve potansiyel tedavi seçeneklerini keşfedebilir.

*

Şekil 1: IMAXT sürecinin şematizayonu

Ksenograftların ve Tümörlerin Görüntüleme ve Moleküler Açıklaması (Imaging and Molecular Annotation of Xenografts and Tumours= IMAXT): IMAXT süreci, birden fazla platformdan gelen verileri, biyolojik bir örneğin 3D haritasına entegre eder. Platformlar, tek hücreli dizileme, seri iki foton tomografi, kütle sitometrisi ile görüntleme, uzamsal transkriptomik ve veri entegrasyonunu içerir.

*

Şekil 2: Theia'da veri analizi araçları

A. Seçim tablosu ve çizim yuvalarını (solda), favoriler tablosunu ve numune/hücre boyutu konsolunu (ortada) ve numune bilgi panelini, vurgulama tablosunu ve dışa aktarma konsolunu (sağda) içeren sanal ortama genel bakış.

B. NSG 4T1 modeli (GFP+ ve TdTomato+ tümör hücreleri görüntüleniyor) ve IDC2 3D-IMC modeli (vurgulama tablosunun ayrıntıları ve stroma eflatun, makrofajlar turuncu, B hücreleri kırmızı, CD8+ ile 3D görselleştirme) için hücre tipi seçimi Yeşil renkte T hücreleri ve mavi renkte Bazal SMA+ hücreleri

C. NSG 4T1 modelinde E-cadherin için işaret yoğunluğu eşlemesi

D. Numune bilgi panelinin (solda) ve popülasyon bilgi panelinin ve ifade ısı haritasının (sağda) detayı.

E. IDC2 modelinin bir girişi. Kamera, tümör hücreleriyle dolu bir kanalın (mavi hücreler, sol alt) hemen dışında bir stromal bölgede bulunur. Diğer hücre tipleri farklı renklerle temsil edilir (yani yeşil/pembe tümör hücreleri, kırmızı bağışıklık hücreleri)

F. Simge görünümünde farklı hücre türleri.