Геномная панель нового поколения на 1021 ген: важный шаг к персонализированному лечению рака

Генетические тесты изменили онкологию

Сегодня мы знаем, что каждый рак генетически уникален. Поэтому один из самых мощных инструментов персонализированной медицины — составление генетической карты опухоли. Масштабные генетические анализы образцов ткани или жидкостной биопсии позволяют подобрать наиболее подходящее лечение.

В исследовании, проведённом нами совместно с международными учёными и среди авторов которого есть и я, мы оценили техническую точность и клиническую ценность комплексной панели секвенирования нового поколения — NGS — на 1021 ген. Работа была опубликована 20 июня 2025 года в International Journal of Molecular Sciences и вновь продемонстрировала возможности генетических тестов в онкологии.

Обзор исследования: проверка более чем на 1300 образцах опухолей

На графике выше показано среди более 1300 онкологических пациентов, исследованных панелью NGS на 1021 ген, распределение видов рака .

В рамках исследования

• изучили образцы всего 1368 пациентов ; успешный анализ NGS выполнен для 1345 образцов — 98,3%.

• Выявлено всего 10805 генетических изменений ; 66% из них классифицированы как онкогенные или вероятно онкогенные.

• У пациентов более чем в 50% случаев обнаружены генетические изменения, позволяющие подобрать лечение по зарегистрированным показаниям или вне них.

• TMB — мутационная нагрузка опухоли и MSI — микросателлитная нестабильность : определение этих биомаркеров иммунотерапии продемонстрировало высокую согласованность с методами золотого стандарта.

Основные результаты: высокая клиническая значимость

Выше представлены для образцов опухолей, проанализированных панелью NGS на 1021 ген,  результаты клинической применимости полученных данных.

• 12,6% пациентов имели возможность одобренного таргетного лечения — по зарегистрированным показаниям.

• 43,9% пациентов имели мутации, позволяющие лечение вне зарегистрированных онкологических показаний.

• 26,2% пациентов имели генетические изменения, подходящие для клинических исследований.

• Другие категории: мутации устойчивости к лечению (5,9%), варианты неопределённого значения (VUS, 2,5%), нормальная структура генов (дикий тип, 3,3%) и мутации с неизвестной применимостью (5,6%).

1. Мутации, доступные для таргетного воздействия:

• У 12,6% пациентов были генетические изменения, подходящие для одобренной таргетной терапии по зарегистрированным показаниям.

• При включении биомаркеров иммунотерапии, например TMB>10 mut/Mb и MSI-H, эта доля выросла до 20,15%.

• Наиболее частые гены-мишени: TP53 (47,6%), KRAS (26,2%), PIK3CA (12,8%), BRCA1/2 (8,3%), ERBB2 (14,8%)

2. Согласованность тканевой и жидкостной биопсии:

• У 10 пациентов сравнивали результаты анализа FFPE — ткани — и плазмы, то есть жидкостной биопсии.

• Согласованность составила 70%. В 3 несовпадающих случаях отсутствие ctDNA в плазме связали с тем, что пациенты получали лечение.

3. Прогноз для HRR и ингибиторов PARP:

• У 19,8% из 1345 пациентов выявлены мутации, связанные с путями HRR .

• В частности, варианты в BRCA1/2 (3,7%), ATM и других генах делают некоторых пациентов кандидатами на ингибиторы PARP и другие специальные виды лечения.

4. Биомаркеры иммунотерапии:

• MSI-H: выявлена лишь у 1,2% пациентов, преимущественно при колоректальном раке.

• TMB >10 mut/Mb: у 9,2% пациентов, особенно при опухолях лёгкого, молочной железы и колоректальном раке.

Техническая надёжность: готовность к клиническому применению

• Выявляла SNV, инделы, CNV и слияния с точностью, близкой к 100%.

• Высокая чувствительность сохранялась даже при частоте вариантного аллеля VAF всего 0,5%.

• При сравнении с другими методами достигнута согласованность более 90% , особенно для HER2, ALK, TMB и MSI.

Преимущество гибридного метода: наблюдение в реальном времени с жидкостной биопсией

• Панель охватывает более широкие области генома, чем тесты на основе ампликонов.

• Технология гибридного захвата обеспечивает чувствительное выявление даже при низких уровнях ctDNA.

• Это позволяет по плазме отслеживать течение болезни, ответ на лечение и мутации устойчивости.

Что это означает в клинической практике?

Панель даёт подробную, надёжную и всестороннюю генетическую информацию о биологии опухоли как из ткани, так и из жидких образцов. Благодаря этому:

• Выявляются мутации, непосредственно влияющие на выбор лечения.

• Можно планировать лечение на основе биологии опухоли.

• Повышается потенциал раннего обнаружения устойчивости к лечению или возврата болезни.

Вывод: мощный инструмент персонализированной медицины

Исследование показывает, что панель NGS на 1021 ген — мощный инструмент с точки зрения как технической точности, так и клинической значимости. Благодаря способности выявлять редкие мутации, анализировать жидкостную биопсию при недоступности ткани и широкому охвату она может поднять персонализированное лечение рака на новый уровень.