Yeni koronavirüste 81 nükleotitlik kritik bir mutasyon saptandı! Virüs, mutasyonlar ile zayıflayabilir mi?
Tüm dünyada COVID-19 ve etkeni olan SARS-CoV-2 virüsü için yapılan araştırmalar hızla devam etmekte. Bilim insanları, yeni nesil dizileme gibi ileri genetik testler kullanarak dünyanın çeşitli yerlerinde izole edilen yeni tip koronavirüsün genetik materyalini inceliyorlar ve böylelikle virüslerin doğasında vazgeçilmez olan mutasyonları (değişiklikler) da daha önceki sonuçlarla kıyaslayarak saptayabiliyorlar. Ve tabi ki virüsün nasıl evrildiğini anlamak, salgının gidişatını kontrol altına almak için oldukça önem taşımakta.
Yeni koronavirüs salgını nasıl bitecek?
Şu an için bu pandeminin bitmesi için 3 olası senaryo var: ya yen bir aşı, ya dünya genelinde insanların bağışıklık kazanması ya da virüsün mutasyon geçirmesi! Virüsün bir mutasyon geçirerek insanları enfekte etme kabiliyetinin azalması, şimdiye kadar en düşük ihtimal olarak görülmekte idi.
1 Mayıs'ta, Journal of Virology’de yayımlanan bir çalışmaya göz atalım. Arizona State Üniversitesi’nden virolojist Dr. Efrem Lim ve arkadaşları, yeni tip koronavirüs genomunda 81 nükletotid delesyonu (çıkma, silinme) ile karakterize bir mutasyon saptadılar. 2002’de Güney Çin’de ortaya çıkmış olan SARS-CoV virüsünde de salgının ilerleyen aşamalarında buna benzer bir mutasyon saptanmıştı ve bunun SARS-CoV virüsünü zayıflattığı gösterilmişti.
Çalışmanın detayları
382 hastadan alınan nazofarengeal sürüntü örneklerinde polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile SARS-CoV-2 genetik materyali saptanmasına yönelik testler yapıldı. 24 Ocak 2020’den 25 Mart 2020’ye kadar toplanmış olan bu 382 örnekten beşinde SARS-CoV-2 varlığı gösterildi. Ardından pozitif sürüntü örnekleri üzerinde direkt olarak yeni nesil dizileme yöntemi kullanıldı (next-generation sequencing, NGS), böylece hücre kültürü ve ilişkili oluşabilecek mutasyonlardan kaçınıldı. Daha sonra tüm dünyadan elde edilen ve bir veri setinde paylaşılan viral genomlar, filogenetik yöntemler kullanılarak çalışmadaki viral genomlar ile karşılaştırıldı.
Genomik karakterizasyon sonucunda virüs izolatlarından birinde (AZ-ASU2923) 27 aminoasit kodlayan 81 bazlık genetik materyalin delesyona uğradığı saptandı. Bu delesyon ORF7a geninde gözlendi. ORF7a geni SARS-CoV virüsündeki ORF7a/X4 geninin ortoloğudur (atasal kökeni aynı olan genler). Bu gen, koronavirüslerin konakçı yani hasta ettiği kişilerin bağışıklık sistemini baskılayan ve kendi lehinde modüle etmesine neden olan proteini kodlamaktadır. SARS-CoV virüsünde daha önce gözlemlendiği gibi bu delesyonu içeren virüslerin yaygın suş haline gelmesi yeni tip koronavirüsü daha az tehlikeli yapabilir.
Dr. Lim, günümüze kadar izole edilen 16.000 SARS-CoV-2 genetik materyalinin aslında sadece tüm suşların %0,5’ini oluşturduğunu belirtiyor. Bu nedenle, bu mutasyonların ve ileride ortaya çıkabilecek olan mutasyonların anlaşılması ve etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesi için çok daha fazla çalışmanın yapılması gerekliliğinin altını çiziyor.
Şekil 1. Yukarıda, SARS-CoV-2 virüsünün genomik ve evrimsel karekterizasyonu gösterilmektedir. A) Çalışmada saptanan üç yeni viral genom kırmızı yıldızlar ile gösterilmiştir. B) Çeşitli SARS-CoV2 izolatlarındaki ORF7 geninin kodladığı aminoasit dizilimleri (delesyon kesikli çizgilerle gösterilmiş). C) Delesyonun moleküler olarak onaylaması amacıyla yapılan ve ORF-7a N-terminusa (uç) yönelik primerlerin kullanıldığı RT-PCR amplikon sayıları. AZ-ASU2923’daki delesyonu teyit etmekte.
Holland et al. An 81 nucleotide deletion in SARS-1 CoV-2 ORF7a identified from sentinel surveillance in Arizona (Jan-Mar 2020). J. Virol, 1 May 2020.
