Likit biyopsi (kan testi) ile kanser erken teşhisine bir adım daha yaklaştık
Günümüzde kanseri erken teşhis edecek herhangi bir kan testi bulunmamaktadır! Bu nedenle kanser araştırmalarında yoğunlaşılan en önemli konulardan biri de kanseri erken teşhis etme stratejileridir. Kasım 2018'de Nature dergisinde yayımlanan çalışmada, epigenetik bozukluklar ve makine öğrenimi türünde bir yapay zeka uygulamasından faydalanılarak kanseri erken dönemde teşhis edebilecek bir likit biyopsi (kan testi) geliştirildiği duyuruldu.
Araştırmacılar, öncelikle epigenetik değişiklikleri profilleyerek her kanser türüne özgü binlerce farklılık tanımladı. Daha sonra Big Data (büyük veri) yaklaşımı ile, kan örneklerinde kanser iliskili DNA'nın varlığını tespit edebilen ve hangi kanser türü olduğunu belirleyebilecek sınıflandırıcılar oluşturmak için makine öğrenimini uyguladılar.
Araştırmada, 7 farklı kanser türüne (akciğer, pankreas, kalın bağırsak, kan, idrar yolları ve böbrek) sahip 300 hastadan tümör örnekleri ve sağlıklı kişilerden alınan örnekler kanda dolaşan hücresiz DNA analizi ile karşılaştırıldı. Böylelikle, her örnekte yüzen plazma (cell free = hücresiz) DNA, tümör DNA'sıyla eşleştirildi.
Peki bu çalışma bize ne ifade ediyor?
• Kanserde erken teşhis tedavi başarısını artıran en önemli faktörlerden biridir. Geliştirilen bu test gelecekte kanserin erken teşhis edilmesini sağlayabilir.
• Günümüzde kullanılan likit biyopsi testlerinin kanseri erken teşhis etmede herhangi bir etkisi yoktur.
Not: Şimdiye kadar onkolojide FDA onaylı 2 likit biyopsi vardır: bunlardan biri küçük hücre dışı akciğer kanserinde EGFR mutasyonlarını tespit etmek içindir (cobas testi). Diğeri ise CellSearch sistemidir, bu test hem tanı anında hem de kemoterapinin tamamlanmasından sonra 2 yıl içinde kanda dolaşan kanser hücrelerini tespit etmek içindir. Yani FDA onaylı her iki likit biyopsi testi de, halihazırda kanser tanısı almış hastalara yardımcı olmak içindir.
Önemle vurgulamak gerekir ki, likit biyopsi testlerinin kanseri erken teşhis etmede kullanılmasına dair herhangi bir FDA onayı bulunmamaktadır.
• Bu çalışma, geliştirilen testin ilk sonuçlarıdır. Diğer testlerden ayıran özellikleri ise makine öğrenmesini (yapay zekayı) ve epigenetik değişimleri de ele almasıdır. İleri anailzlerle, çok sayıda hastanın katılımıyla gerçekleştirilen klinik çalışmalarla doğruluğunun kanıtlanması gerekmektedir.
*
- Sağlıklı hücrelerde de yüzlerce mutasyon tespit edilmesi büyük şaşkınlık yarattı
- Sağlıklı bireylerde kanserde erken tanı için Likit Biyopsi önermiyoruz! Neden mi?
Shu Yi Shen ve ark.
Sensitive tumour detection and classification using plasma cell-free DNA methylomes.
Nature, 14 November 2018.
