Koronavirüsün yeni varyantı-mutasyonu nedir? Nasıl keşfedildi? Aşılar etkili olacak mı?
Birleşik Krallık Covid-19 Genetik Konsorsiyumu Nisan 2020’den beri 140 bin SARS-CoV-2 virüs genomunu dizileyerek, koronavirüsün genetik değişimini analiz etmekteydi. 18 Aralık 2020’de yeni bir varyantın (virüsün genetik ve davranış olarak yeni bir çeşidinin) keşfedildiği bu konsorsiyum tarafından duyuruldu. SARS-CoV-2’nin bu yeni varyantına “VUI-202012/01” veya “B.1.1.7” adı verildi. Gelin şu ana kadarki bilimsel gelişmelerin ışığında bu varyant ile ilgili aklınıza takılan soruları cevaplayalım.
Yeni SARS-CoV-2 nedir? Hakkında neler biliyoruz?
Birleşik Krallık’ta keşfedilen yeni varyant “VUI-202012/01” veya “B.1.1.7” olarak isimlendirildi. Bu varyantın önem kazanmasının sebebi daha önceki varyantların aksine çok sayıda mutasyonun (genetik değişimin) tespit edilmesidir.
B.1.1.7, 17 mutasyona sahiptir. Bu mutasyonlar, virüsün farklı bölgelerinde meydana gelmiştir.
Koronavirüste yeni tanımlanan mutasyonlar şu şekildedir:
- ORF1ab bölgesinde T1001I, A1708D, I2230T, SGF 3675-3677 (delesyon / silinme)
- Spike (taç / diken) bölgesinde 69-70 delesyon, Y144 delesyon, N501Y, A570D, P681H, T716I, S982A ve D1118H
- N bölgesinde Q27stop, R52I ve Y73C in ÖRF8; D3L ve S235F
Bu mutasyonlardan en önemlileri ise diken proteinlerinde meydana gelen N501Y, N439K, Y453F ve 69-70del’dir.
Koronavirüsün yeni varyantı neden daha bulaştırıcı?
N501Y mutasyonu virüsün diken proteinindeki reseptör bağlanma bölgesinde meydana gelmiştir. Bu bölge virüs tarafından insan hücrelerindeki ACE2 reseptörüne bağlanmak için kullanılmaktadır. Bu mutasyon virüsün ACE2 reseptörüne bağlanmasını artırabilir.
Diğer iki mutasyon N439K ve Y453 aynı şekilde reseptör bağlanma bölgesinde meydan gelmiştir. Bu mutasyonları virüsün ACE2 reseptörlerine bağlanmayı artırdığı ve bağışıklık sisteminden kaçışı kolaylaştırdığı görülmüştür.
P681H mutasyonu ise diken proteinin furin kesim noktasında meydana gelmiştir. Bu mutasyonun biyolojik etkisini henüz bilmiyoruz.
69-70 delesyon mutasyonu ise diken proteininin 69 ve 70. amino asitlerinin silinmesi sonucu oluştu. Bu mutasyonun, virüsün bağışıklık sisteminden kaçışı kolaylaştıracağı düşünülmektedir. Mutasyonun konvalesan (iyileşmiş) plazma tedavisi kullanan kronik bir Covid-19 hastasında oluştuğu öne sürülmektedir. Virüs bu hastada, antikor tedavisinden kaçacak şekilde değişime uğramış olabilir.
Bu mutasyonların, virüsün hücrelere ve farelere daha kolay bulaşmasını sağladığı laboratuvar ortamında önceden gösterilmiştir. Ancak, doğrudan insanlarda daha bulaşıcı olduğuna dair henüz bilimsel bir kanıta sahip değiliz.
Yeni varyant ne zaman keşfedildi?
Tüm virüsler zamanla mutasyona uğrarlar ve yeni varyantları ortaya çıkar. Bu beklenen bir durumdur.
Genetik analizler SARS-CoV-2’nin yeni varyantının Eylül 2020’de ortaya çıktığını ve Kasım ortasına kadar toplumda düşük seviyede görüldüğünü göstermektedir.
Varyantın keşfi, İngiliz Halk Sağlığı merkezinin "Kent" şehrindeki vakaların sıkı önlemlere rağmen düşmemesinin nedenlerini araştırılmasına dayanıyor.
Daha sonra bu varyantın Londra ve Essex’de hızlı bir şekilde yayıldığı görülmüştür. Diğer ülkeler ayrıntılı virüs genom analizi yapmadığından ülkelerdeki dağılımı henüz bilinmemektedir. Ancak, İtalya’da Birleşik Krallıktan gelen bir kişide yeni virüs varyantı saptanmıştır.
Yeni koronavirüse karşı aşılar etkili olacak mı?
Bu konuda herhangi bir bilimsel kanıta sahip değiliz. Yeni varyantın aşıları etkileyip etkilemediği laboratuvar araştırmaları sonrasında belirlenecektir.
Geliştirilen 3 modern aşı (BioNTech, Moderna ve AstraZeneca) virüsün diken proteinlerini hedef almaktadır. Yeni varyant diken proteini bölgesinde mutasyonlara sahiptir. Aşılar, diken proteinin birden fazla bölgesine karşı antikor üretimini sağlamaktadır. Bu yüzden, yeni varyantın aşıların etkinliğini azaltma ihtimali oldukça düşüktür. Aşılar çoklu antikorlar ile bağışıklık sağlamaktadır.
SARS-CoV-2’de mutasyonların meydana gelmesi beklenen durum mu?
SARS- CoV-2 bir RNA virüsüdür. Virüs çoğaldıkça mutasyona uğraması doğal bir süreçtir. Salgının ortaya çıkışından bu yana SARS-CoV-2’de binlerce mutasyon görülmüştür. Bu mutasyonların büyük çoğunluğu herhangi bir etkiye sahip değildir. Örneğin, bugüne kadar SARS-CoV-2 diken proteininde 4000’den fazla mutasyon tespit edilmiştir.
Ülkelerin aldığı karantina ve uçuş yasakları tedbirleri gayet normal bir durumdur. Yeni varyantın özelliklerini anlayana kadar bu önlemlerin alınması gerekmektedir.
*
*
İLGİLİ KONULAR
1. COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest. Report 1, COG-UK,20th December 2020
2. COVID-19 Genomics UK (COG-UK) consortiumcontact@cogconsortium.uk. 2020. An Integrated National Scale SARS-CoV-2 Genomic Surveillance Network. The Lancet. Microbe 1 (3): e99–100. Bal A, Destras G, Gaymard A, Regue H, Semanas Q, d’Aubarde C, Billaud G, Laurent F, Gonzales C, Valette
3. M, Lina B, Morfin F, Josset L. Screening of the H69 and V70 deletions in the SARS-CoV-2 spike protein with a RT-PCR diagnosis assay reveals low prevalence in Lyon, France. medRxiv 2020, 2020.11.10.20228528.
4. Kemp, Steven A., Dami A. Collier, Rawlings Datir, Salma Gayed, Aminu Jahun, Myra Hosmillo, Isabella Atm Ferreira, et al. 2020. Neutralising Antibodies Drive Spike Mediated SARS-CoV-2 Evasion. medRxiv.
5. Andrew Rambaut, Edward C. Holmes, Áine O’Toole, Verity Hill, John T. McCrone, Christopher Ruis, Louis du Plessis, and Oliver G. Pybus. 2020. A Dynamic Nomenclature Proposal for SARS-CoV-2 Lineages to Assist. Genomic Epidemiology. Nature Microbiology 5 (11): 1403–7.
6. Thomson EC, Rosen LE, Shepherd JG, Spreafico R. 2020. The Circulating SARS-CoV-2 Spike Varyant N439K Maintains Fitness While Evading Antibody-Mediated Immunity. bioRxiv.
7. Erik Volz, Verity Hill, John T. McCrone, Anna Price, David Jorgensen, Áine O’Toole, Joel Southgate, et al. 2020. “Evaluating the Effects of SARS-CoV-2 Spike Mutation D614G on Transmissibility and Pathogenicity.” Cell, November.
8. NERVTAG: Risk assessment of SARS-CoV-2 varyants that have been selected in mink, 12 November 2020. Paper prepared by the New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group (NERVTAG).
9. Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations, Andrew Rambaut, Nick Loman, Oliver Pybus, Wendy Barclay, Jeff Barrett, Alesandro Carabelli, Tom Connor, Tom Peacock, David L Robertson, Erik Volz, on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK (COG-UK). https://virological.org/t/563
