CeGaT Tümör Testleri Nedir? CancerPrecision, CancerDetect ve CancerNeo Kimlere, Ne Zaman?
Bu Makalede
Tübingen'den Tümör Genetiği: CeGaT Test Ailesi, Hangi Test Kime ve Ne Zaman?
CeGaT, 2009'da Almanya'nın Tübingen kentinde kurulan ve kanser hastaları için tümör dokusundan ve kandan genetik analizler sunan bir tanı laboratuvarı. Firmanın CancerPrecision, CancerEssential, CancerDetect, CancerMRD ve CancerNeo gibi adlarla sunduğu testler, farklı klinik sorulara yanıt vermek üzere tasarlanmış bir "test ailesi" oluşturuyor. Bu yazıda bu ailedeki her testin ne yaptığını, kimlerde ve hangi durumda düşünülebileceğini, raporun nasıl okunacağını, Tübingen'deki kişiye özel aşı uygulamalarıyla bağlantısını ve diğer laboratuvarların testleriyle farklarını; firmanın tümör tanı sayfası ve tanıtım broşürü üzerinden, kanıtlar ve sınırlılıklarıyla birlikte ele alıyoruz. Kapsamlı genomik testlerin genel özelliklerini ve Foundation Medicine, Caris, Tempus, BostonGene ve Genekor karşılaştırmasını solid tümörler için ileri düzey genomik testler yazımızda; yeni nesil dizilemeyi (NGS), RNA dizilemeyi ve Tübingen'de glioblastom için uygulanan kişiselleştirilmiş peptid aşısını ise ayrı yazılarda anlatmıştık.
- Test ailesi: CancerEssential organa özgü dar panel (6–24 gen); CancerPrecision 781 genlik kapsamlı panel; CancerDetect kandan sıcak nokta analizi; CancerMRD tüm genom parmak izine dayalı kalıntı hastalık izlemi; CancerNeo tüm ekzom ve RNA dizilemeyle neoantijen tahmini. Bunlara RNA füzyon (CancerFusionRx), protein düzeyinde boyama (CancerIFP) ve tedavi danışmanlığı (CancerAdvice) eklenebiliyor.
- Ayırt edici özellik: Kapsamlı testlerde tümör her zaman hastanın kanıyla (normal DNA) karşılaştırılıyor; böylece kalıtsal bulgular, ilaç yıkımını etkileyen farmakogenetik varyantlar ve kan hücrelerinden kaynaklanan değişiklikler (CHIP) aynı raporda ayrılıyor. HRD skoru tüm tümör türlerinde hesaplanıyor.
- Sınırlılıklar: Testler FDA onaylı "eşlik eden tanı testi" değil; örnekte en az %20 tümör hücresi gerekiyor ve yetersiz örneklerde de ücret alınıyor. Kalıntı hastalık testinin klinik doğrulama verileri firma sayfasında yayımlanmamış. Maliyet Türkiye'de çoğunlukla hasta tarafından karşılanıyor.
- Kişiye özel aşı: CancerNeo yalnızca aşı tasarımı için analiz sunuyor; aşının üretimi ve uygulaması ayrı bir süreç. Glioblastomda Tübingen'den gelen 173 hastalık veriler umut verici ama kontrolsüz ve gözlemsel.
Bu konu neden önemli?
Kanser hastaları ve yakınları, özellikle standart tedavi seçenekleri azaldığında, yurt dışında yapılan genetik testleri ve kişiye özel aşıları araştırıyor. Bu arayışta en sık karşılaşılan adlardan biri, Tübingen'deki kişiye özel aşı uygulamalarıyla da bilinen CeGaT. Ancak firmanın birbirine benzeyen adlardaki testleri arasında doğru seçimi yapmak, hangi testin gerçekten tedavi kararını değiştireceğini, hangisinin yalnızca ek bilgi sağlayacağını ayırt etmek kolay değil.
Hekimler açısından da doğru test, doğru örnek ve doğru zamanlama önemli: Yanlış test seçimi değerli dokunun tükenmesine, gereksiz masrafa ve zaman kaybına yol açabiliyor. Bu yazı, CeGaT testlerini firmanın kendi anlatımının ötesinde, kanıtlar, sınırlılıklar ve alternatiflerle birlikte değerlendirmeyi amaçlıyor.
CeGaT tümör testleri nedir?
CeGaT tümör testleri, Tübingen'deki CeGaT laboratuvarının kanser hastalarına sunduğu genetik analizlerdir. Tümör dokusundan ya da kandan yeni nesil dizileme ile tedaviye yön verebilecek değişiklikleri arar. Organa özgü dar panelden (CancerEssential) 781 genlik kapsamlı panele (CancerPrecision), kandan izlem testlerinden (CancerDetect, CancerMRD) kişiye özel aşı tasarımı için neoantijen analizine (CancerNeo) uzanan bir aile oluşturur.
Şekil 1 · Klinik soruya göre CeGaT testi
Dört temel kullanım alanı
Test ailesi tek tabloda
| Test | Örnek | Kapsam | Saptama eşiği · en az tümör oranı | Ne zaman düşünülür? |
|---|---|---|---|---|
| CancerEssential | Tümör dokusu | Organa özgü 6–24 gen (bireysel seçimle en fazla 64); 8 gende füzyon; MSI ayrıca PCR ile | %5 · %20 | Sık ve onaylı hedeflerin hızlı, daha düşük maliyetle aranması |
| CancerPrecision | Tümör dokusu ya da kan + normal kan | 781 gen; 38 gende DNA düzeyinde füzyon; TMB, MSI, HRD, kopya sayısı, HLA, enfeksiyon, farmakogenetik, CHIP | %5 · %20 | İleri evrede tüm hedeflerin, immünoterapi belirteçlerinin ve kalıtsal bulguların birlikte görülmesi |
| CancerFusionRx | Tümör dokusu (parafin blok) | RNA'dan 200'den fazla gende füzyon; MET ekzon 14 atlaması, EGFRvIII gibi transkript değişiklikleri | — · %20 | Füzyonların sık olduğu tümörler, DNA testinde sürücü bulunamayan olgular |
| CancerIFP | Tümör dokusu | Tek kesitte 9 protein: CD45, PD-L1, LAG3, p-mTOR, p-ERK, p16, p53, HER2, TROP2 | — · %20 | Yalnızca dokudan yapılan kapsamlı test ya da CancerNeo'ya ek olarak |
| CancerDetect | Kan; ayrıca asit, beyin omurilik sıvısı, pankreas kist sıvısı | 31 gende sıcak nokta; TP53, PTEN, CDKN2A'nın tamamı; 6 gende füzyon | %0,25 · %1 | Doku alınamadığında hedef arama; tedavi sırasında direnç takibi |
| CancerMRD | Önce tümör + kan (tüm genom), sonra her izlemde kan | Hastanın tümörüne özgü "parmak izi" mutasyonlarının kanda aranması | %0,02 · — | Tedavi sonrası kalıntı hastalık ve erken nüks takibi |
| CancerNeo | Tümör dokusu + kan | Tüm ekzom ve tüm transkriptom; HLA tipleme; en fazla 12 neoantijen; ikinci (aşı) raporu | %5 · %20 | Kişiye özel aşı planlanan hastalar |
| CancerAdvice | Test sonucu + ayrıntılı tıbbi öykü | Onaylı, endikasyon dışı ve klinik çalışma seçenekleri; kanıt tabloları | — | Standart seçenekleri tükenmiş ya da nadir tümörü olan hastalar |
Saptama eşiği: Bir değişikliğin raporlanabilmesi için örnekteki DNA'nın en az yüzde kaçında bulunması gerektiği. Tümör oranı: Örnekteki hücrelerin en az yüzde kaçının tümör hücresi olması gerektiği. Bilgiler Ekim 2026 itibarıyla firmanın web sayfasından derlenmiştir. Firma ayrıca kalıtsal kanser sendromları için kandan genetik test (germline panel) sunmaktadır.
Testler tek tek
CancerPrecision: ailenin kapsamlı testi
CancerPrecision, firmanın en kapsamlı ve "ilk tercih" olarak sunduğu tümör paneli. Tümörle ilişkili 781 genin kodlayan bölgeleri ve 38 gende DNA düzeyinde yapısal değişiklikler (ALK, ROS1, RET, NTRK, MET gibi füzyonlar) inceleniyor. Ortalama 500–1.000 kat okuma derinliğiyle, tümörün yalnızca bir bölümünde bulunan (alt klon) değişiklikler de yakalanabiliyor. Firma, en az %20 tümör içeren kaliteli bir örnekte duyarlılığı %97,6'nın, özgüllüğü %99,9'un üzerinde bildiriyor.
Raporda şu başlıklar yer alıyor:
- Tedaviyle ilişkili değişiklikler: Her değişiklik için ilgili ilaçlar ve FDA ya da Avrupa İlaç Ajansı (EMA) onay durumu.
- İmmünoterapi belirteçleri: Tümör mutasyon yükü (TMB, 2,13 megabazlık panelden), yeni nesil dizilemeyle hesaplanan mikrosatellit instabilitesi (MSI) ve virüs ya da bakteri izleri (HPV, EBV, MCV, CMV, H. pylori, HBV).
- Homolog rekombinasyon eksikliği (HRD) skoru: Tümör türünden bağımsız olarak her hastada hesaplanıyor; PARP inhibitörü ve platin duyarlılığı için ipucu veriyor (over kanserinde PARP inhibitörleri).
- Kalıtsal bulgular: Tümör kanla karşılaştırıldığı için, hastalıkla ilişkili kalıtsal değişiklikler ayrıca raporlanıyor (kalıtsal kanserler ve akıllı ilaçlar, ATM gen mutasyonu).
- Farmakogenetik: DPYD, UGT1A1, TPMT, NUDT15 ve CYP2D6 gibi genlerde, kemoterapi ve diğer ilaçların dozunu etkileyen kalıtsal varyantlar.
- CHIP: Yaşla kan hücrelerinde ortaya çıkan ve tümöre ait olmayan mutasyonlar; özellikle kan testlerinde yanlış yorumu önlemek için önemli.
- Ek bölümler: Kopya sayısı profili, 9 temel sinyal yolunun şeması ve TMB ile HRD değerinin diğer hastalarla karşılaştırıldığı grafikler.
Test kandan da yapılabiliyor; ancak kandaki tümör DNA'sı oranının en az %20 olması gerekiyor. Bu oran pek çok hastada, özellikle hastalık yükü düşükken sağlanamıyor. Bu durumda firmanın daha duyarlı kan testi CancerDetect devreye giriyor.
Tümörün kanla karşılaştırılması neden önemli?
Şekil 2 · Tümör-normal karşılaştırması
CancerPrecision, CancerNeo ve CancerMRD'de standart yaklaşım
Yalnızca tümörün dizilendiği testlerde, hastanın doğuştan taşıdığı binlerce zararsız varyant bilgisayar algoritmalarıyla ayıklanmaya çalışılır. Bu yöntem hataya açıktır ve tümör mutasyon yükünün olduğundan yüksek hesaplanmasına yol açabilir; bir çalışmada bu sorun özellikle Avrupa dışı kökenli hastalarda belirgin bulundu. Tümör-normal karşılaştırması ayrıca ileri evre kanserli hastaların yaklaşık %17,5'inde kalıtsal yatkınlık saptanmasını sağlıyor; bunların yarıdan fazlası klasik aile öyküsü ölçütleriyle gözden kaçabiliyor. CeGaT bu karşılaştırmayı kapsamlı testlerinde standart olarak yapıyor; birçok yaygın test ise yalnızca tümörü inceliyor.
Örnek rapor: meme kanserinde BRCA2
Firma broşüründeki örnek raporda, meme kanserli bir hastanın sonuçları ilk sayfada kutular halinde özetleniyor. Tedavi açısından önemli kutular renkli vurgulanıyor:
| Rapor kutusu | Örnekteki sonuç | Yorum |
|---|---|---|
| Tümör oranı | Mikroskopla %30, hesapla %25 | %20 sınırının üzerinde; sonuçlar güvenilir |
| Tümör mutasyon yükü (TMB) | 7,6 mutasyon/megabaz | Yüksek değil (raporda eşik 10; FDA'nın güncel eşiği 13) |
| Mikrosatellit instabilitesi (MSI) | Skor 0,14 | MSI yok (eşik 0,33) |
| Homolog rekombinasyon eksikliği (HRD) | Skor 58,0 | HRD olası (eşik 30) |
| Tümör sürücüleri | BRCA2, PIK3CA | PARP inhibitörü ve PIK3CA hedefli tedaviler gündeme gelebilir |
| Kalıtsal değişiklik | BRCA2 (çerçeve kayması), tümörde sağlam kopyanın kaybı | Genetik danışmanlık ve aile bireylerine test gerekir; olaparib gibi PARP inhibitörleri için uygun |
| Füzyon, virüs, farmakogenetik, CHIP | Bulgu yok | — |
Bu örnek, tümör-normal karşılaştırmasının değerini iyi gösteriyor: Aynı test hem tedavi hedefini (BRCA2 ve HRD) hem de hastanın çocukları ve kardeşlerini ilgilendiren kalıtsal riski ortaya çıkarıyor (BRCA taşıyıcılarında koruyucu yaklaşımlar).
CeGaT raporlarında TMB için "yüksek" sınırı 10 mutasyon/megabaz olarak veriliyor. FDA ise 22 Ekim 2026'da pembrolizumabın TMB-yüksek tümörlerdeki onayını tam onaya çevirirken eşiği 13 mutasyon/megabaz olarak güncelledi (ayrıntılar). Ayrıca TMB değerleri farklı panellerde farklı hesaplanabiliyor; 10 ile 13 arasındaki değerlerde immünoterapi kararı bu bilgiler ışığında, kurulda verilmeli.
CancerEssential: organa özgü, hızlı ve daha ekonomik
CancerEssential, onkolog ve patologlarla birlikte geliştirilen, her tümör türünde tedavi kararını en sık etkileyen genleri inceleyen dar bir panel. Okuma derinliği yaklaşık 1.000 kat, duyarlılık %99,8'in üzerinde ve sonuç süresi 2–3 hafta. TMB, HRD ve kopya sayısı analizi yapılmıyor; MSI ise ayrıca PCR ile isteniyor ve bunun için kan örneği de gerekiyor. Örneğin akciğer setinde EGFR, KRAS, BRAF, MET, ERBB2 ile ALK, RET ve ROS1 füzyonları; prostat setinde BRCA1/2, ATM ve CDK12 dahil 24 DNA onarım geni; glioma setinde IDH1/2, ATRX, TERT ve H3 genleri yer alıyor.
CancerEssential: organa özgü gen setleri
Gen sayısı. Her tümör türü için ayrı panel; renkli çubuk hazır setler, koyu çubuk tüm genlerden bireysel seçim.
Hazır setlerin çoğunda 8 gende yapısal değişiklik (füzyon) analizi ek ücretsiz yapılır. MSI ayrıca PCR ile istenir ve bunun için kan örneği de gerekir. Firma web sayfası, Ekim 2026.
Erken evrede ya da tek bir hedef sorusunun yanıtlanması gerektiğinde (örneğin akciğer adenokarsinomunda EGFR, KRAS G12C ve füzyonlar, kolorektal kanserde RAS ve BRAF) bu panel yeterli olabilir. Ancak nadir tümörlerde, standart tedavilerin tükendiği durumlarda ya da immünoterapi belirteçleri ve kalıtsal risk de merak edildiğinde kapsamlı panel daha uygun.
CancerFusionRx ve CancerIFP: RNA ve protein katmanları
Gen füzyonları, tedaviye en iyi yanıt veren hedeflerden bazılarını oluşturuyor (ALK, ROS1, RET, NTRK, FGFR2, NRG1 gibi). CancerFusionRx, tümör RNA'sında 200'den fazla geni ve bilinen kırılma noktalarına yönelik 130'dan fazla bölgeyi inceleyerek hem bilinen hem de yeni füzyon ortaklarını arıyor; MET ekzon 14 atlaması ve EGFRvIII gibi tedaviyle ilişkili transkript değişikliklerini de saptıyor. Firma bu yöntemin DNA tabanlı ve tüm transkriptom yöntemlerinden üstün olduğunu belirtiyor, ancak bu iddiayı destekleyen karşılaştırmalı veri sayfasında yayımlanmamış. RNA analizinin DNA testine eklenmesinin füzyon saptamayı artırdığı ise genel olarak kabul görüyor.
CancerIFP ise tek doku kesitinde dokuz proteini aynı anda boyayan (çoklu immünofloresan) bir yöntem: bağışıklık hücreleri (CD45), bağışıklık kontrol noktaları (PD-L1, LAG3), sinyal yolları (p-mTOR, p-ERK), p16, p53 ile HER2 ve antikor-ilaç konjugatlarının hedefi TROP2. Laboratuvar içinde geliştirilmiş bir test; standart immünohistokimya ile sonuçların farklılık gösterebileceği firma tarafından da belirtiliyor. Bu nedenle PD-L1 ve HER2 gibi ilaç onayına bağlı belirteçlerde, onaylı standart immünohistokimya testi esas alınmalı.
CancerDetect: kandan hedef arama ve direnç takibi
CancerDetect, kandaki tümör DNA'sını çift yönlü moleküler etiketleme (duplex UMI) yöntemiyle 50.000–100.000 kat okuyarak, tümör DNA'sı oranı %1 kadar düşük örneklerde bile %0,25 sıklıktaki mutasyonları yakalayabiliyor. 31 gende tedaviyle ilişkili sıcak noktalar (EGFR T790M ve L858R, KRAS G12/G13/Q61, BRAF V600, PIK3CA gibi), TP53, PTEN ve CDKN2A'nın tamamı ve 6 gende füzyon inceleniyor. Kan dışında karın içi sıvı (asit), beyin omurilik sıvısı ve pankreas kist sıvısı da kabul ediliyor; bu, beyin tümörlerinde ve beyin zarı yayılımında değerli olabilir (likit biyopsinin diğer kullanım alanları).
Firmanın örnek olgusunda, afatinib sonrası ilerleyen ve biyopsi yapılamayan EGFR mutasyonlu akciğer kanserli 42 yaşındaki bir hastada standart kan paneli negatif çıkmış, CancerDetect ise yalnızca %2 tümör DNA'sı olan örnekte EGFR T790M direnç mutasyonunu saptamış ve tedavi osimertinibe çevrilmiş (EGFR mutasyonlu akciğer kanseri). Bu tek olgu, testin duyarlılığını gösteren bir örnek; karşılaştırmalı bir çalışma değil.
Sınırlılık: Test yalnızca seçilmiş sıcak noktalara baktığı için, TMB, kopya sayısı ve bu bölgelerin dışındaki mutasyonları göremez. Kan testi negatifse tümörde hedef olmadığı söylenemez; doku testi düşünülmeli.
CancerMRD: tüm genom parmak iziyle kalıntı hastalık takibi
CancerMRD, önce tümör ve kan örneğinde tüm genom dizilemesi yaparak hastanın tümörüne özgü çok sayıda mutasyondan oluşan bir "parmak izi" çıkarıyor; sonraki her kan örneğinde bu parmak izini arıyor. Firma, kanda %0,02 (milyonda 200) düzeyindeki tümör DNA'sını saptayabildiğini bildiriyor. Tüm genom yaklaşımı, panel tabanlı testlere göre daha fazla mutasyon izlenmesine ve böylece daha yüksek duyarlılığa olanak tanıyor; benzer yaklaşımları tüm genom tabanlı ctDNA testleri ve ultra duyarlı kalıntı hastalık testleri yazılarımızda ele almıştık.
CancerMRD için firma sayfasında klinik doğrulama çalışması, karşılaştırmalı veri ya da sonuç süresi yayımlanmamış. Kalıntı hastalık testleri genel olarak nüksü görüntülemeden aylar önce gösterebiliyor; ancak test sonucuna göre tedaviyi başlatmanın, yoğunlaştırmanın ya da azaltmanın yaşam süresini uzattığı çoğu kanserde henüz kanıtlanmadı. Bu testler, sonucun nasıl kullanılacağı önceden planlanarak ve tercihen klinik çalışma çerçevesinde istenmeli. Tümör DNA'sını kana az bırakan kanserlerde (örneğin bazı beyin tümörleri) yararı sınırlı.
CancerNeo ve Tübingen'deki kişiye özel aşılar
CancerNeo, kişiye özel kanser aşısı tasarımı için gereken verileri üretiyor: tümör ve kanda tüm ekzom dizileme (CancerPrecision'daki analizleri de içeriyor), tümörde tüm RNA dizileme, hastanın doku grubu (HLA) tiplemesi ve bu verilerden neoantijen tahmini. Seçilen en fazla 12 neoantijen, yardımcı (CD4) ve sitotoksik (CD8) T hücrelerini birlikte uyarmak için hem kısa (8–12 amino asit) hem uzun (yaklaşık 17 amino asit) peptidlerden oluşuyor. Seçilen peptidler, aşı formülasyonu için ayrı bir raporda sunuluyor. İsteğe bağlı olarak MGMT promotör metilasyonu, PD-L1 ve HLA boyamaları eklenebiliyor.
Önemli bir ayrım: CancerNeo bir aşı değil, aşının "tarifini" çıkaran bir analiz. Aşının üretimi ve uygulanması ayrı bir süreç; Tübingen'de bu alanda CeGaT ile B. Braun'un ortaklığı CeCaVa (Kanser Aşıları Merkezi) çalışıyor. Almanya'da bu aşılar, hekim sorumluluğunda "bireysel tedavi girişimi" çerçevesinde uygulanıyor; onaylı bir ilaç değil.
Glioblastomda bu yaklaşımla aşılanan 173 hastanın gerçek yaşam verileri 2024'te Nature Communications'ta yayımlandı:
- Hastalar: 70'i ilk tedavi sonrası ilerleme olmadan, 103'ü ilerleme sonrası aşılandı.
- Güvenlik: Yan etkiler seyrek ve çoğunlukla hafif (derece 1–2) düzeydeydi.
- Bağışıklık yanıtı: İzlenen 97 hastanın 87'sinde (%90) en az bir aşı peptidine karşı yanıt gelişti; yanıtlar çoğu hastada kalıcıydı.
- Sağkalım: Tanıdan itibaren ortanca genel sağkalım 31,9 ay; çoklu T hücresi yanıtı gelişenlerde 53 ay, gelişmeyenlerde 27 ay.
Kişiye özel peptid aşısı alan glioblastom hastalarında bağışıklık yanıtı
Ay. Tanıdan itibaren ortanca genel sağkalım; aşıya karşı çoklu T hücresi yanıtı gelişen ve gelişmeyen ya da zayıf kalan hastalar (gerçek yaşam verisi, 173 hasta).
p=0,03. Kontrol grubu olmayan, bireysel tedavi girişimi olarak uygulanan aşılardan elde edilen gözlemsel veridir; iyi yanıt verenler zaten daha iyi seyirli hastalar olabilir. Tüm hastalarda tanıdan itibaren ortanca sağkalım 31,9 ay.
Bu sonuçlar dikkatle okunmalı: Karşılaştırma grubu yok; aşı üretimi zaman aldığı için yalnızca bu süreyi iyi durumda geçiren hastalar aşılanabiliyor ve sağkalımın tanıdan itibaren hesaplanması etkiyi olduğundan iyi gösterebilir. Güçlü bağışıklık yanıtı veren hastaların daha uzun yaşaması da aşının mı, yoksa bu hastaların zaten daha iyi seyirli olmasının mı sonucu, bilinmiyor (araştırmaları doğru okumak). Etkinliğin kanıtlanması için randomize çalışmalar gerekiyor. Glioblastomda ameliyat, radyoterapi ve temozolomidden oluşan standart tedavi yerini koruyor; aşı yalnızca buna ek olarak, uzman merkezlerde düşünülebilir (glioblastom tedavisinde son nokta, glioblastomda moleküler tanı ve bireyselleştirilmiş tedavi, yüksek dereceli gliomlarda yeni tedaviler). Kişiye özel neoantijen tedavilerinde en güçlü kanıt şu an melanomdan geliyor: Ekim 2026'da kişiye özel mRNA tedavisi (intismeran), ilk kez faz 3 çalışmada nüks riskini azalttı (kanser aşıları, akciğer kanserinde mRNA aşısı çalışmaları).
CancerAdvice: test sonucundan tedavi önerisine
CancerAdvice, CeGaT test sonuçlarını hastanın tedavi öyküsü, patoloji ve immünohistokimya bulgularıyla birleştirerek onaylı, endikasyon dışı ve klinik çalışma seçeneklerini sıralayan bir danışmanlık raporu. Endikasyon dışı seçenekler için çalışma verileri tablolar halinde veriliyor ve rapor, sigorta başvurularında bilimsel gerekçe olarak kullanılabiliyor. Bunun için güncel klinik raporlar, ilaç öyküsü, ECOG performans durumu, metastaz yerleri ve planlanan girişimler gibi ayrıntılı bilgiler isteniyor. Klinik çalışma taraması en fazla beş ülkeyle sınırlı. Bu rapor değerli bir kaynak olabilir; ancak hastayı tanıyan yerel ekip ve moleküler tümör kurulunun değerlendirmesinin yerini tutmaz.
Şekil 3 · Örnekten rapora
CeGaT tümör testlerinde iş akışı
CeGaT testleri diğer laboratuvarlarla nasıl karşılaştırılır?
Kapsamlı genomik test sunan laboratuvarları ayrı bir yazıda ayrıntılı karşılaştırmıştık. Aşağıdaki tablo, CeGaT CancerPrecision'ı bu yazıdaki testlerle aynı ölçütlerde yan yana koyuyor:
| Test | DNA kapsamı | Normal doku karşılaştırması | RNA | Onay durumu | Sonuç süresi |
|---|---|---|---|---|---|
| CeGaT CancerPrecision (Almanya) | 781 gen | Standart (kan) | Füzyon paneli ek olarak (200'den fazla gen) | FDA onaylı değil; CAP/CLIA, ISO 15189 akreditasyonu | 2–3 hafta |
| FoundationOne CDx (ABD) | 324 gen | Yok (yalnızca tümör) | 318 genlik RNA paneli | FDA onaylı eşlik eden tanı testi (2017) | Ortanca 10 gün (firma verisi) |
| Tempus xT (ABD) | 648 gen | Seçenek olarak | xR (laboratuvar içi test) | FDA onaylı (xT CDx) | 10–14 gün |
| Caris MI Profile (ABD) | Tüm ekzom | Yok | Tüm transkriptom | FDA onaylı (raporlama 228 genle sınırlı) | 10–14 gün |
| BostonGene Tumor Portrait (ABD) | Tüm ekzom | Var | Tüm transkriptom; mikroçevre analizi | FDA onaylı değil | 2–3 hafta |
| Genekor prime DX (Yunanistan) | 1.021 gen | — | RNA ekzom | FDA onaylı değil | 15 iş günü |
Değerler firmaların açıklamalarına ve önceki karşılaştırma yazımıza dayanır; zaman içinde değişebilir. Tablo bir sıralama değildir.
Kapsamlı DNA panellerinde incelenen gen sayısı
Gen sayısı. Renkli çubuk CeGaT, koyu çubuk diğer laboratuvarlar. Tüm ekzom dizileyen testler (Caris, BostonGene) gösterilmemiştir.
Gen sayısı tek başına test kalitesini göstermez: Normal doku karşılaştırması, RNA analizi, onay durumu, raporlama ve süre de önemlidir. Değerler firmaların açıklamalarına dayanır; testler farklı yöntemler kullandığı için karşılaştırma dolaylıdır.
CeGaT hangi durumda öne çıkıyor, hangi durumda başka bir test daha uygun?
- Öne çıktığı durumlar: Tümörle kanın standart olarak karşılaştırılması isteniyorsa (kalıtsal risk, doğru TMB), farmakogenetik ve CHIP bilgisi aynı raporda görülmek isteniyorsa, kişiye özel aşı planlanıyorsa (CancerNeo) ya da beyin omurilik sıvısı gibi kan dışı sıvılardan analiz gerekiyorsa (CancerDetect).
- Başka testin daha uygun olabileceği durumlar: Bir ilacın onayı ya da geri ödemesi için belirli bir FDA onaylı eşlik eden tanı testi gerekiyorsa; çok hızlı sonuç gerekiyorsa; tümör hücresi oranı %20'nin altında ve yeni örnek alınamıyorsa; ya da yerel bir merkezde yapılabilen hedefe yönelik test klinik soruyu yanıtlamaya yetiyorsa.
- Ortak nokta: Hangi laboratuvar seçilirse seçilsin sonuç, kanıt düzeyleri gözetilerek moleküler tümör kurulunda yorumlanmalı.
CeGaT testleri hekim tarafından firmanın sipariş formu ya da çevrim içi portalı (myCeGaT) üzerinden isteniyor. Firma; kan tüpü, parafin blok ve kesitler ile likit biyopsi tüplerini içeren örnek gönderim kitlerini ücretsiz sağlıyor. Gönderim için patoloji bölümünden parafin blok ya da en az 10 kesit ve mümkünse tümör alanı işaretlenmiş bir lam, ayrıca 1–2 ml EDTA'lı kan gerekiyor. Likit biyopsi için özel stabilizasyon tüpleri (3 × 10 ml) kullanılıyor.
Fiyatlar firma tarafından talep üzerine bildiriliyor ve sonuç süresi, örnek ve ödeme laboratuvara ulaştıktan sonra başlıyor. Önemli bir ayrıntı: Tümör hücresi oranı %20'nin altında çıkan örnekler değerlendirilemiyor, ancak firma bu durumda da analiz ücretini tam olarak talep ediyor. Bu nedenle örnek seçimi patologla birlikte dikkatle yapılmalı. Yurt dışı testlerin SGK (Sosyal Güvenlik Kurumu) tarafından karşılanıp karşılanmadığı ve koşulları teyit edilmeli; çoğu durumda masraf hasta tarafından karşılanıyor. Raporda önerilen ilacın Türkiye'de ruhsatlı ve geri ödeme kapsamında olup olmadığı da ayrıca değerlendirilmeli (Türkiye erişim haritası, klinik çalışma nedir).
Hastalar ve yakınları için: test istemeden önce sorulacak sorular
- Hangi CeGaT testi bana uygun ve neden? Dar panel mi, kapsamlı panel mi, kan testi mi?
- Sonuç tedavimi değiştirebilir mi? Hangi seçenekler gündeme gelebilir?
- Elimdeki patoloji örneği yeterli mi? Tümör oranı %20'nin üzerinde mi, yoksa yeni biyopsi gerekir mi?
- Kalıtsal bir bulgu çıkarsa ne olacak? Aileme nasıl yansır, genetik danışmanlık alabilecek miyim?
- Toplam maliyet ve süre ne kadar? Örnek yetersiz çıkarsa ne olur?
- Kişiye özel aşı düşünülüyorsa: Aşının kanıt düzeyi, üretim süresi, maliyeti ve standart tedavimle nasıl birleşeceği konuşuldu mu?
Karar aşamasında ikinci görüş almak, özellikle yurt dışı test ve aşı seçeneklerinin değerlendirilmesinde yararlı olabilir.
- "En çok geni inceleyen test en iyisidir." Hayır. Normal doku karşılaştırması, RNA analizi, kalite, süre ve klinik soruya uygunluk en az gen sayısı kadar önemli.
- "Raporda ilaç adı yazıyorsa o ilaç bana uygundur." Hayır. Kanıt düzeyi, tümör türü ve genel durum birlikte değerlendirilmeli.
- "Kan testi negatifse tümörde hedef yoktur." Hayır. Kanda tümör DNA'sı az olabilir; doku testi gerekebilir.
- "CancerNeo yaptırırsam aşım hazır olur." Hayır. CancerNeo aşı tasarımı için analizdir; aşının üretimi ve uygulanması ayrı bir süreçtir.
- "Kişiye özel aşı glioblastomda kanıtlanmış bir tedavidir." Henüz değil. Veriler umut verici ama kontrolsüz; randomize çalışmalar bekleniyor.
Sık sorulan sorular
- CeGaT CancerPrecision testi nedir?
- CancerPrecision, Tübingen'deki CeGaT laboratuvarının 781 geni inceleyen kapsamlı tümör testidir. Tümör, hastanın kanındaki normal DNA ile karşılaştırılır; mutasyonlar, füzyonlar, TMB, MSI, HRD, kalıtsal bulgular ve farmakogenetik varyantlar tek raporda verilir. Sonuç yaklaşık 2–3 haftada çıkar ve en az %20 tümör hücresi içeren örnek gerekir.
- CancerPrecision ile CancerEssential arasındaki fark nedir?
- CancerEssential, her tümör türü için 6–24 genlik organa özgü dar bir paneldir; sık ve onaylı hedefleri hızlı ve daha düşük maliyetle arar. CancerPrecision ise 781 gen, TMB, HRD, kopya sayısı ve tümör-normal karşılaştırmasıyla tüm seçenekleri gösterir; ileri evre, nadir ya da tedavisi tükenmiş tümörlerde daha uygundur.
- CeGaT'ın kan testleri ne zaman kullanılır?
- CancerDetect, doku alınamadığında hedef aramak ve tedavi sırasında direnç mutasyonlarını izlemek için kullanılır; %0,25 sıklıktaki mutasyonları saptayabilir. CancerMRD ise tümöre özgü tüm genom parmak iziyle tedavi sonrası kalıntı hastalığı ve erken nüksü izler; klinik yararı birçok kanserde hâlâ araştırılmaktadır.
- CancerNeo ile kişiye özel aşı yapılabilir mi?
- CancerNeo, tüm ekzom ve RNA dizilemesiyle en fazla 12 neoantijeni seçerek aşı tasarımı için veri sağlar; aşının kendisi değildir. Tübingen'de bu tür peptid aşıları bireysel tedavi girişimi olarak uygulanıyor. Glioblastomda 173 hastalık gözlemsel veriler umut verici, ancak etkinlik randomize çalışmalarla henüz kanıtlanmadı.
Sözlük
- Tümör-normal karşılaştırması
- Tümör DNA'sının hastanın kanındaki normal DNA ile birlikte dizilenerek tümöre özgü değişikliklerin kesin olarak belirlenmesi.
- Saptama eşiği (NAF)
- Bir mutasyonun raporlanabilmesi için örnekteki DNA'da bulunması gereken en düşük oran.
- Tümör mutasyon yükü (TMB)
- Tümör DNA'sında megabaz başına düşen mutasyon sayısı; yüksekliği immünoterapiye yanıtla ilişkili.
- Homolog rekombinasyon eksikliği (HRD)
- DNA çift zincir onarım sisteminin bozukluğu; PARP inhibitörlerine duyarlılıkla ilişkili.
- Farmakogenetik
- İlaçların vücutta yıkımını ve yan etkilerini etkileyen kalıtsal farklılıkların incelenmesi.
- CHIP
- Yaşla birlikte kan hücrelerinde ortaya çıkan, kanserle ilişkisi olmayan mutasyonlar; kan testlerinde yanlış yoruma yol açabilir.
- Kalıntı hastalık (MRD)
- Tedavi sonrası görüntülemede görülemeyen, ancak kanda tümör DNA'sıyla saptanabilen hastalık.
- Neoantijen
- Tümör mutasyonları sonucu oluşan ve bağışıklık sisteminin "yabancı" olarak tanıyabildiği yeni protein parçası.
- Bireysel tedavi girişimi
- Onaylı bir tedavi olmadığında, hekimin sorumluluğunda ve hastanın onayıyla tek bir hastaya uygulanan deneysel tedavi.
DROZDOGAN Akademi Yorumu
CeGaT'ın test ailesi, dar panelden tüm genom tabanlı izleme ve neoantijen analizine kadar uzanan geniş ve tutarlı bir yapı sunuyor; doğru test, klinik soruya göre seçildiğinde hastaya gerçek katkı sağlıyor.
⚡ Neden önemli
Tümör-normal karşılaştırmasının standart olması, kalıtsal riskin ve doğru TMB'nin aynı testte elde edilmesini sağlıyor. Neoantijen analizinin aynı laboratuvarda yapılması, Tübingen'deki kişiye özel aşı uygulamalarıyla doğrudan bağlantı kuruyor.
✅ Güçlü yönler
Uluslararası akreditasyon (CAP, CLIA, ISO 15189), geniş gen kapsamı, HRD'nin tüm tümörlerde hesaplanması, farmakogenetik ve CHIP bilgisi, kan dışı sıvılardan analiz olanağı ve ayrıntılı, görsel raporlar.
⚠️ Sınırlamalar
Testler FDA onaylı eşlik eden tanı testi değil; bazı ilaçların onay ve geri ödemesinde bu bir engel olabilir. Kalıntı hastalık testi ve RNA füzyon paneli için yayımlanmış karşılaştırmalı doğrulama verisi firma sayfasında yok. Yetersiz örnekte de ücret alınması ve maliyetin hastaya yansıması önemli dezavantajlar. Glioblastom aşı verileri kontrolsüz ve gözlemsel.
🩺 Pratikte
İleri evre, nadir ya da tedavi seçenekleri azalmış hastalarda ve kalıtsal risk şüphesinde kapsamlı tümör-normal testini değerli buluyoruz. Sık hedeflerin sorulduğu durumlarda dar panel ya da yerel testler çoğu zaman yeterli. Örneği patologla birlikte seçiyor, sonucu moleküler tümör kurulunda tartışıyor; kişiye özel aşı seçeneğini yalnızca standart tedaviye ek olarak ve kanıt düzeyini hastayla açıkça konuşarak gündeme getiriyoruz.
❓ Açık sorular
CancerMRD'nin duyarlılığı ve klinik yararı bağımsız çalışmalarla doğrulanacak mı? Kişiye özel peptid aşıları glioblastomda randomize çalışmada yarar gösterecek mi? Türkiye'deki hastaların genetik yapısı, yurt dışı veri tabanlarına dayalı yorumları nasıl etkiliyor? Bu testler geri ödeme kapsamına girecek mi?
Sonuç: CeGaT testleri, özellikle tümör-normal karşılaştırması ve kişiye özel aşı bağlantısıyla öne çıkan güçlü bir seçenek. Ancak hangi testin isteneceği firmanın değil, hastanın klinik sorusunun belirlemesi gereken bir karar.
- Bu yazı Ekim 2026'da hazırlanmıştır.
- CeGaT testlerine ilişkin teknik bilgiler firmanın tümör tanı broşüründen (2023) ve Ekim 2026 itibarıyla web sayfalarından alınmıştır. Broşür ile web sayfası arasında fark olduğunda güncel web sayfası esas alınmıştır (örneğin CancerPrecision 781 gen ve duyarlılık %97,6; CancerEssential 64 gen; CancerDetect 31 gen; CancerFusionRx 200'den fazla gen). Duyarlılık, saptama sınırı ve sonuç süresi gibi değerler firma verisidir; bağımsız olarak doğrulanmamıştır.
- Ekibimiz, Tübingen'de beyin tümörleri için uygulanan kişiselleştirilmiş neoantijen aşısı yaklaşımını yakından izlemekte ve bu konuyla ilgilenmektedir. Yazıda CeGaT testleri, diğer laboratuvarların testleriyle karşılaştırmalı olarak ve sınırlılıklarıyla birlikte ele alınmıştır.
- Diğer laboratuvarlara ilişkin bilgiler firmaların açıklamalarına ve önceki karşılaştırma yazımıza dayanır. Türkiye'deki geri ödeme durumu genel bilgi düzeyindedir; güncel durum teyit edilmelidir.
- Grafik 3 farklı laboratuvarların testlerini bir arada gösterir; karşılaştırma dolaylıdır. Şekiller firma bilgilerinden ve metinden türetilmiştir. Bu yazı genel bilgilendirme amaçlıdır; kişisel tıbbi tavsiye değildir. Akademi yorumu bize aittir.
Kaynaklar
- CeGaT GmbH. Genetic Tumor Diagnostics (broşür, 2023). Tübingen.
- CeGaT GmbH. Tumor diseases: CancerPrecision, CancerEssential, CancerDetect, CancerMRD, CancerNeo, CancerFusionRx, CancerIFP, CancerAdvice. Ekim 2026. cegat.com
- Update and extension of tumor diagnostics (TUM). BioRegio STERN, 2020. bioregio-stern.de
- Personalized cancer therapy: B. Braun and CeGaT found joint venture CeCaVa. BioRegio STERN, 2018. bioregio-stern.de
- Latzer P, Zelba H, Battke F et al. A real-world observation of patients with glioblastoma treated with a personalized peptide vaccine. Nat Commun 2024;15. doi:10.1038/s41467-024-51315-8
- Hilf N, Kuttruff-Coqui S, Frenzel K et al. Actively personalized vaccination trial for newly diagnosed glioblastoma (GAPVAC). Nature 2019;565:240-245. doi:10.1038/s41586-018-0810-y
- EU-funded consortium to advance personalised cancer vaccines into trials (GAPVAC). Manufacturing Chemist, Ekim 2014. manufacturingchemist.com
- Mandelker D, Zhang L, Kemel Y et al. Mutation detection in patients with advanced cancer by universal sequencing of cancer-related genes in tumor and normal DNA vs guideline-based germline testing. JAMA 2017;318:825-835. doi:10.1001/jama.2017.11137
- Nassar AH, Adib E, Abou Alaiwi S et al. Ancestry-driven recalibration of tumor mutational burden and disparate clinical outcomes in response to immune checkpoint inhibitors. Cancer Cell 2022;40:1161-1172. doi:10.1016/j.ccell.2022.08.022
- Mosele MF, Westphalen CB, Stenzinger A et al. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with advanced cancer in 2024: a report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol 2024;35:588-606. doi:10.1016/j.annonc.2024.04.005
- FDA approves pembrolizumab in metastatic TMB-H solid tumors. CancerNetwork, Ekim 2026. cancernetwork.com
- Tempus xT CDx: FDA-approved molecular profiling for solid tumors. tempus.com
- FDA grants marketing approval to FoundationOne CDx in vitro diagnostic. ESMO, Kasım 2017. esmo.org
Bu yazı size yardımcı oldu mu?
Geri bildiriminiz içeriklerimizi geliştirmemize yardımcı olur.
