Что такое слияние киназы рецептора тропомиозина (NTRK)? Следует ли проводить иммуногистохимическое исследование или секвенирование нового поколения (NGS)?

Смотреть не на орган, а на ген опухоли: слияние NTRK и выбор правильного теста

Слияние NTRK — редкое генетическое изменение, при котором два гена неправильно соединяются друг с другом. Его можно лечить таргетными препаратами независимо от того, в каком органе возникла опухоль. При распространённых видах рака оно встречается менее чем в одном проценте случаев, но если его находят, ингибиторы TRK заметно уменьшают опухоль примерно у 60 процентов пациентов. Главная задача — обнаружить это редкое изменение правильным тестом: пан-TRK иммуногистохимия (ИГХ) — быстрый и недорогой метод скрининга, а секвенирование нового поколения (NGS) показывает слияние напрямую. В этом руководстве мы рассказываем, что такое слияние NTRK, при каких опухолях его ищут, каковы сильные и слабые стороны ИГХ и NGS, какой алгоритм тестирования рекомендует ESMO и как планируется лечение, если слияние найдено. Основы генетических тестов мы разбирали в статье о секвенировании нового поколения (NGS), а понятие лечения, не зависящего от органа, — в статье об агностических методах лечения рака.

Почему это важно?

Долгие годы лечение рака планировали в зависимости от органа, в котором возникла опухоль: один препарат для рака лёгкого, другой — для рака толстой кишки. Слияние NTRK стало одним из первых примеров, изменивших этот подход. В 2018 году ларотректиниб стал первым таргетным препаратом, одобренным только по генетическому изменению, без учёта органа опухоли. Поэтому знание того, есть ли у пациента слияние NTRK, может изменить варианты лечения при самых разных опухолях — от лёгкого до щитовидной железы, от толстой кишки до сарком (значение генетических изменений по шкале ESCAT).

Однако при распространённых видах рака слияние NTRK встречается очень редко: чтобы найти нескольких пациентов, приходится обследовать тысячи. К тому же не каждый тест выявляет это слияние одинаково хорошо: одни методы пропускают часть слияний, другие могут дать положительный результат и без слияния. Поэтому пациенту и врачу, которые видят в заключении патолога «пан-TRK положительный» или в генетическом заключении «слияние NTRK не выявлено», важно понимать, что этот результат показывает, а что нет. О других биомаркерах в заключениях патолога можно прочитать в наших статьях о тесте PD-L1 и понятиях, связанных с HER2.

Что такое слияние NTRK?

Слияние NTRK — это разрыв гена NTRK1, NTRK2 или NTRK3, кодирующего рецепторы TRK, и его соединение с другим геном. Образующийся химерный белок не ждёт сигнала, постоянно остаётся включённым и непрерывно посылает клетке сигнал к делению. Такое изменение встречается редко, но если его находят, его можно лечить таргетными препаратами — ингибиторами TRK.

Зачем в норме нужны рецепторы TRK?

Рецепторы TRK (TRKA, TRKB и TRKC) находятся преимущественно в нервной системе. Когда с ними связываются сигнальные молекулы, например фактор роста нервов, они ненадолго включаются; они участвуют в развитии и выживании нервных клеток, в восприятии боли и равновесия, в регуляции аппетита и массы тела. Именно с этими нормальными функциями связаны такие побочные эффекты ингибиторов TRK, как головокружение, прибавка массы тела и боль, возникающая после отмены препарата.

При слиянии киназная часть гена NTRK («мотор», передающий сигнал) соединяется с начальной частью другого гена. Начальная часть такого гена-партнёра обычно заставляет белки объединяться в пары; поэтому киназа TRK включается сама по себе и остаётся постоянно активной без внешнего сигнала. На сегодняшний день описано более 80 разных генов-партнёров, соединяющихся с генами NTRK; наиболее известны ETV6-NTRK3, TPM3-NTRK1 и LMNA-NTRK1. Поскольку само слияние способно в одиночку поддерживать рост опухоли, препараты, блокирующие этот сигнал, часто дают выраженный и стойкий ответ.

При каких опухолях встречается слияние NTRK?

Слияния NTRK встречаются в двух очень разных группах. К первой группе относятся некоторые редкие опухоли: секреторная карцинома молочной железы, маммаро-аналоговая секреторная карцинома слюнной железы, инфантильная фибросаркома раннего детского возраста и клеточная врождённая мезобластная нефрома (разновидность опухоли почки у младенцев). Более чем в 90% таких опухолей есть слияние; оно даже помогает поставить сам диагноз. Ко второй группе относятся распространённые виды рака — рак лёгкого, толстой кишки, молочной железы, щитовидной железы, головы и шеи, меланома, саркомы и опухоли головного мозга; при них слияние чаще всего встречается менее чем в 1% случаев (виды карцином).

Среди распространённых видов рака описаны подгруппы, в которых слияние NTRK встречается несколько чаще. При раке толстой кишки слияния сосредоточены преимущественно в опухолях с высокой микросателлитной нестабильностью (MSI-H) и без изменений в генах RAS и BRAF (рак толстой кишки, понятие MSI-H). При раке щитовидной железы они чаще описаны у молодых пациентов и у тех, кто подвергался облучению. При раке лёгкого слияние ищут в опухолях без других драйверных изменений, таких как EGFR, ALK, ROS1 или KRAS (рак лёгкого). В детских опухолях и в опухолях головного мозга высокой степени злокачественности частота слияний также выше, чем при карциномах у взрослых (опухоли головного мозга).

Какими тестами ищут слияние NTRK?

Существует четыре основных способа выявить слияние NTRK, и каждый из них смотрит на свой уровень. Пан-TRK иммуногистохимия показывает белок TRK на срезе ткани коричневым окрашиванием. FISH (флуоресцентная гибридизация in situ) под микроскопом ищет разрыв в одном гене NTRK. NGS на основе ДНК одновременно прочитывает сотни генов. NGS на основе РНК прочитывает матричную РНК, считываемую с генов, и напрямую показывает точку соединения при слиянии (руководство по секвенированию РНК). Все эти тесты можно выполнить на ткани опухоли, полученной при биопсии или операции и хранящейся в парафиновых блоках.

Пан-TRK иммуногистохимия: сильные и слабые стороны

Антитело, используемое для пан-TRK ИГХ, распознаёт киназный домен, общий для всех трёх белков TRK. Поскольку во взрослых тканях белка TRK в норме очень мало, отчётливое коричневое окрашивание опухолевых клеток позволяет заподозрить химерный белок. Подсказку может дать и то, в какой части клетки видно окрашивание: при слияниях ETV6-NTRK3 — в ядре, при некоторых слияниях NTRK1 — в цитоплазме, при слиянии LMNA-NTRK1 — в ядерной мембране.

Крупнейшее на сегодня исследование по проверке ИГХ проведено в Мемориальном онкологическом центре имени Слоуна — Кеттеринга (MSK) в США. Среди 33 997 обследованных пациентов слияние NTRK обнаружено у 87 (примерно 2,6 на 1000). Если принять NGS на основе РНК за эталон, общая чувствительность пан-TRK ИГХ составила 87,9%, а специфичность — 81,1%. Иными словами, ИГХ выявила около 88 из каждых 100 опухолей со слиянием, а примерно в 19 из каждых 100 опухолей без слияния дала ложноположительный результат.

За этими общими цифрами стоят две важные детали. Во-первых, ИГХ почти всегда выявляла слияния NTRK1 и NTRK2, но пропускала примерно пятую часть слияний NTRK3 (чувствительность 79%). Именно к этой группе относится слияние ETV6-NTRK3 при инфантильной фибросаркоме и секреторных карциномах; поэтому при таких опухолях отрицательная ИГХ не исключает слияния. Во-вторых, в опухолях с нервной или гладкомышечной дифференцировкой (например, в некоторых саркомах и опухолях головного мозга) нормальный белок TRK может окрашиваться и без слияния; при таких опухолях ИГХ как метод скрининга ненадёжна.

ДНК или РНК? Почему NGS выявляет не каждое слияние

Наши гены состоят из фрагментов, несущих «рецепт» белка, — экзонов, и промежуточных участков между ними — интронов. При слияниях разрыв чаще всего происходит внутри интронов. В генах NTRK2 и NTRK3 некоторые интроны имеют длину в десятки тысяч нуклеотидов; большинство ДНК-панелей из экономических соображений не прочитывает такие длинные интроны полностью. Если разрыв приходится на непрочитанный участок, ДНК-тест слияния не увидит. В том же исследовании MSK чувствительность NGS на основе ДНК по сравнению с РНК-тестом составила 81,1%; то есть примерно пятая часть слияний была пропущена ДНК-панелью.

В NGS на основе РНК ситуация иная: при образовании матричной РНК клетка сама удаляет интроны. Поэтому в химерной РНК ген-партнёр и ген NTRK оказываются рядом, и точка соединения прочитывается напрямую. Кроме того, РНК-тест показывает, что слияние действительно «работает», то есть производится РНК, которая будет транслироваться в белок. Слабая сторона в том, что РНК гораздо менее стабильна, чем ДНК; на старых образцах, на образцах, долго находившихся в формалине, или на образцах с очень малым количеством опухолевых клеток тест может не дать результата.

Тесты жидкостной биопсии (ctDNA), исследующие циркулирующую в крови опухолевую ДНК, тоже могут искать слияние NTRK; однако, поскольку они основаны на ДНК, а опухолевой ДНК в крови может быть мало, вероятность пропустить слияние у них выше. Обнаружение слияния при жидкостной биопсии значимо; отсутствие же слияния его не исключает, и по возможности результат следует дополнить исследованием ткани.

Иммуногистохимия или NGS: что выбрать?

Короткий ответ: для решения о лечении слияние должно быть показано методом NGS, предпочтительно панелью, включающей РНК; ИГХ на этом пути — инструмент скрининга, а не принятия решения. Рекомендации ESMO 2019 года строят выбор в зависимости от типа опухоли. При редких опухолях, в которых слияние встречается очень часто, цель — подтверждение, и для этого достаточно FISH, RT-PCR или таргетных РНК-панелей. При распространённых видах рака, где слияние редко, цель — скрининг; лучший вариант — широкая NGS-панель, надёжно выявляющая слияния NTRK, а при подходящем качестве РНК предпочтительно секвенирование РНК.

Место пан-TRK ИГХ в этом алгоритме — предварительный отбор в ситуациях, когда NGS нельзя выполнить сразу, ткани мало или решающую роль играет стоимость: если ИГХ отрицательная, а опухоль не имеет нервной или гладкомышечной дифференцировки, вероятность слияния низкая; если ИГХ положительная, результат обязательно подтверждают NGS. Сегодня при многих видах рака на поздних стадиях необходимо одновременно оценивать множество изменений — EGFR, ALK, KRAS, BRAF, HER2, MSI и TMB, поэтому широкая NGS-панель, включающая NTRK, часто оказывается путём, который наиболее рационально расходует и ткань, и время.

Кому следует проводить тест на слияние NTRK?

Препараты, одобренные при слиянии NTRK, сегодня применяют при распространённых (метастатических) солидных опухолях или при опухолях, удаление которых привело бы к серьёзным последствиям; поэтому и тест рекомендуют прежде всего таким пациентам. Поскольку заранее невозможно знать, в какой опухоли обнаружится слияние, пациентам с солидными опухолями поздних стадий рекомендуется искать NTRK в составе генетической панели. В некоторых ситуациях вероятность слияния заметно выше, и тест становится приоритетным (что такое метастаз?).

Если слияние найдено: ингибиторы TRK

Препараты, применяемые у пациентов с подтверждённым слиянием NTRK, — это таргетные средства для приёма внутрь, которые встраиваются в сигнальный карман киназы TRK и выключают химерный белок (как принимать таргетные таблетки?). Все три одобрены FDA независимо от органа, в котором возникла опухоль. Одобрения основаны на одногрупповых исследованиях типа «корзины»: в одно исследование включали пациентов с разными типами опухолей, а контрольную группу не использовали. Из-за редкости слияния проведение рандомизированных исследований практически невозможно.

Ларотректиниб (Vitrakvi) — первый препарат, направленный только на TRK. В ноябре 2018 года он получил ускоренное одобрение, в апреле 2025 года — полное. В анализе 339 пациентов, на котором основано полное одобрение, частота ответа составила 60%, частота полного ответа (исчезновение опухоли при визуализации) — 24%, медиана длительности ответа — 43,3 месяца. В анализе 93 детей частота ответа достигла 84%; 3-летняя общая выживаемость составила 93%. Препарат выпускается в капсулах и в виде раствора, поэтому его можно применять и у младенцев.

Энтректиниб (Rozlytrek) помимо TRK действует также на ROS1 и ALK и хорошо проникает в головной мозг. Он одобрен в августе 2019 года. В обновлённом анализе 121 взрослого пациента частота ответа составила 61,2%, медиана длительности ответа — 20 месяцев, медиана выживаемости без прогрессирования — 13,8 месяца. У 11 пациентов с измеримыми метастазами в головном мозге частота ответа в головном мозге составила 63,6% (таргетная терапия при ALK).

Репотректиниб (Augtyro) — препарат нового поколения, разработанный против мутаций резистентности. В июне 2024 года он получил ускоренное одобрение. У 40 пациентов, ранее не получавших препаратов против TRK, частота ответа составила 58%, а у 48 пациентов, ранее получавших такой препарат и имевших прогрессирование, — 50%; во второй группе медиана длительности ответа составила 9,9 месяца. Поэтому он особенно важен для пациентов с прогрессированием после препаратов первого поколения.

Побочные эффекты ингибиторов TRK чаще всего лёгкие или средней степени, однако некоторые из них своеобразны, поскольку связаны с нормальными функциями TRK в нервной системе: головокружение и нарушение равновесия, прибавка массы тела, изменение вкуса, онемение и покалывание, мышечные боли, запор и повышение печёночных ферментов. При приёме ларотректиниба описаны также переломы костей. Поскольку после отмены препарата у некоторых пациентов может появляться временная боль, прекращать лечение без консультации с врачом нельзя.

Что происходит при развитии резистентности?

Ответ на ингибиторы TRK обычно бывает длительным, однако со временем может развиться резистентность. Самая частая её причина — новые мутации, изменяющие карман, в который встраивается препарат: мутации NTRK1 G595R или NTRK3 G623R в области «solvent front», а также мутации в областях «gatekeeper» и xDFG. Репотректиниб и другие разрабатываемые препараты нового поколения могут быть эффективны при значительной части этих мутаций. Реже опухоль «обходит» TRK и начинает использовать другой сигнальный путь, например KRAS, BRAF или MET; при такой резистентности «вне мишени» одного нового препарата против TRK может оказаться недостаточно (как раковые клетки становятся устойчивыми к лечению?).

Ситуация в Турции

Вопросы, которые можно задать врачу

• Проверяли ли мою опухоль на слияние NTRK? Если да, то каким методом (ИГХ, ДНК-NGS, РНК-NGS)?
• Включает ли использованная NGS-панель РНК или охватывает ли она интроны NTRK?
• Если мой результат пан-TRK положительный, подтверждён ли он NGS? Если отрицательный, исключает ли он слияние полностью?
• Достаточно ли ткани для теста или нужна повторная биопсия? Возможна ли жидкостная биопсия?
• Если слияние найдут, как я смогу получить ингибитор TRK? Могу ли я участвовать в клиническом исследовании?
• Если во время лечения болезнь будет прогрессировать, будут ли повторно искать причину резистентности?

Часто задаваемые вопросы

Что такое слияние NTRK?

Слияние NTRK — это разрыв гена NTRK1, NTRK2 или NTRK3 и его соединение с другим геном. Образующийся химерный белок постоянно остаётся включённым и непрерывно посылает клетке сигнал к росту. Оно встречается примерно в 3 из 1000 солидных опухолей и более чем в 90% некоторых редких опухолей.

Что делать при подозрении на слияние NTRK: иммуногистохимию или NGS?

Для решения о лечении слияние должно быть показано методом NGS, предпочтительно панелью, включающей РНК. Пан-TRK иммуногистохимию можно использовать для скрининга, если доступ к NGS или количество ткани ограничены; положительный результат подтверждают NGS, а отрицательный полностью не исключает слияния, особенно с участием NTRK3.

Какие препараты применяют, если найдено слияние NTRK?

Ларотректиниб, энтректиниб и репотректиниб — ингибиторы TRK, одобренные FDA независимо от органа, в котором возникла опухоль. Для ларотректиниба частота ответа составляет 60%, медиана длительности ответа — 43,3 месяца; репотректиниб эффективен и у пациентов с резистентностью к предыдущему препарату против TRK.

Кому следует проводить тест на слияние NTRK?

Пациентам с распространённой или метастатической солидной опухолью рекомендуется искать NTRK в составе генетической панели. Приоритетные группы — секреторные карциномы, инфантильная фибросаркома, детские опухоли, молодые пациенты и опухоли без других известных драйверных изменений.

Словарь

Слияние генов

Разрыв двух разных генов и их соединение с образованием нового аномального гена.

Рецептор TRK

Белок, кодируемый генами NTRK, который передаёт внутрь клетки такие сигналы, как фактор роста нервов.

Киназа

Фермент, который может включаться и выключаться и передаёт сигнал, присоединяя фосфатные группы к другим белкам.

Пан-TRK иммуногистохимия

Окрашивание среза ткани антителом, распознающим сразу все три белка TRK.

NGS (секвенирование нового поколения)

Метод генетического тестирования, позволяющий одновременно прочитать множество генов.

Экзон и интрон

Фрагменты гена, несущие «рецепт» белка (экзоны), и промежуточные участки между ними (интроны).

FISH

Тест, который с помощью флуоресцентно меченых зондов под микроскопом показывает разрыв или перестройку в гене.

Чувствительность и специфичность

Доля, с которой тест выявляет имеющееся изменение (чувствительность) и правильно даёт отрицательный результат при его отсутствии (специфичность).

Агностическое (не зависящее от органа) одобрение

Одобрение препарата не по органу, в котором возникла опухоль, а по генетическому изменению, которое она несёт.

Мутация solvent front

Тип мутации, который мешает препарату встроиться в карман киназы и вызывает резистентность к ингибиторам TRK.